Después de una espiral de muertes en un instituto, un nuevo estudiante transferido Koichi Sakakibara se fija en una chica enigmática que parece obtener la llave del oscuro misterio que se esconde detrás de todo.

1940. Con la guerra llamando a las puertas de Japón, Tsubaki, un autor de comedia, se dispone a presentar ante la censura una versión cómica de Romeo y Julieta. Sus esperanzas de conseguir la aprobación se verán pronto ensombrecidas por la severa actitud del nuevo jefe censor, el hierático Sakisaka, que ordenará una reescritura completa de la obra. Pese al marcado antagonismo entre ambos personajes, el largo tiempo compartido durante las siete visitas que Tsubaki hace a la oficina de Sakisaka acabará acercando a ambos hasta el punto de convertirlos en estrechos colaboradores.

El profesor Spencer Hale, un concienzudo investigador de los Pokémon, ha estado trabajando muy duro para conocer los secretos de un misterioso Pokémon llamado los Unown. Los Unown aparecen como 26 entidades individuales con las formas de letras del alfabeto. Tienen la capacidad de leer los sueños, pensamientos y emociones humanos y hacerlos realidad, pero un tipo especial de realidad. Mientras está trabajando, el profesor es repentinamente arrastrado a otro mundo, del mismo modo en que desapareció su esposa dos años antes mientras investigaba el misterio de los Unown. Su hija pequeña, Molly, está ahora completamente sola en la casa de los Hale sin su madre ni su padre, y sin nadie que la consuele. Angustiada, Molly sólo sueña con reunirse con su padre. Los Unown se dan cuenta de su soledad y transforman su simple deseo en acción, rodeando la casa de los Hale con un colosal muro de cristal y creando un mundo imaginario en su interior donde Molly puede ver cumplido su mayor deseo.