Space Battleship Yamato nos situa en el año 2199, cinco años despues que apareciesen unos misteriosos alienigenas llamados Gamilas y empezasen a atacar a la Tierra con meteoritos gigantes y dejar su superficie totalmente inhabitable por culpa de la radiacion post-bélica. A la raza humana apenas le queda un año de vida cuando se recibe un enigmatico mensaje proveniente del lejano planeta Iscandar, asegurando que poseen un artilugio capaz de eliminar la radiacion de la Tierra y ofreciendo su ayuda a los humanos. Decididos a salvar el planeta, las Fuerzas de Defensa reconstruyen el acorazado espacial Yamato para poder realizar el increíble viaje que les llevara a mas de 150.000 años luz de distancia en busca de un desconocido planeta que puede ser la ultima esperanza para la raza humana y para la Tierra.

En un pequeño pueblo de Japón, han tenido lugar una serie de explosiones. Cuando Midorikawa comienza a trabajar en el caso, Ichiro Suzuki (más conocido como "Brain Man) es acusado de cómplice. Ichiro tiene una memoria excelente, una gran inteligencia y un cuerpo perfecto, pero carece de emociones humanas. La neurocirujana Mariko Washiya, víctima de un trauma personal, cree que la naturaleza humana es bondadosa, de modo que se interesa por Brain Man e intenta descubrir la verdad. Basada en la novela "No Otoko" (Brain Man) de Urio Shudo.

Tsukiko, es un fotografo, miembro de un Club en la escuela, pero siempre se ha sentido menos que su hermana Tomie. Ella es linda y muy popular entre los niños. Sin embargo, un día, Tomie muere en un accidente horrible, por lo que Tsukiko,le provoca pesadillas escalofriantes. Un año más tarde, cuando Tomie se supone que cumpliría 18 años, y un día alguien llama a la puerta. Tomie está de vuelta. Poco a poco, Tomie comenzará a mostrar su lado más oscuro, por lo que Tsukiko vuelve a tener las mismas horrendas pesadillas.