Hace mucho tiempo, en una ciudad muy, muy lejana... En casa de Shin Chan aparece un manantial de aguas termales que puede determinar el resultado de una larga guerra entre ente la alianza de las aguas y las fuerzas del Imperio de Yuzame, lideradas por el temible Doctor Roña. Sin entender muy bien que ocurre, la familia Nohara acaba involucrada en una gran aventura para conseguir volver a su casa. ¿Será Shin Chan el elegido que acabe con la tiranía del imperio y devuelva la paz al mundo de los balnearios?.

Todo comienza cuando Shin chan y sus amigos se dan cuenta de que las profesoras y compañeros se comportan más raro que de costumbre. Cuando comienzan a investigar, llegan a la conclusión de que la ciudad de Kasukabe se está llenando de clones. Aparece un ser idéntico a otro y sin que nadie pueda evitarlo, el auténtico desaparece por completo. Lo único que saben de estos clones es que les gusta bailar nada más y nada menos que... ¡la samba! Este dato les ayuda a adivinar qué personas de su alrededor no son auténticas; ya que una vez que suena la música ¡no pueden dejar de mover el esqueleto!

En esta nueva aventura una niña nueva llega a la clase de Shin chan. Se llama Saki y todos los niños quieren ser amigos suyos, pero Saki es muy arisca y no quiere saber nada de nadie. Coincidiendo con su llegada, algo extraño empieza a ocurrir en los sueños de los habitantes de Kasukabe. Los adultos noche tras noche viven la misma pesadilla, mientras que los niños disfrutan de us sueños preferidos. Pasan los días y también los niños se ven arrastrados a la pesadilla de los adultos. En ese momento, Shin chan y sus amigos del Ejército de Kasukabe deciden entrar en acción para proteger la ciudad y, de paso, le piden a Saki que se una a ellos. Sin embargo, la niña nueva esconde un secreto que ninguno de ellos imagina.