La historia gira en torno a Kenji Gion, un estudiante de baja estatura, que comienza su primer curso en la escuela Kanagawa. En su primer día de instituto, durante un partido de rugbi, Gion conoce a Sumiaki Iwashimizu, un chico muy alto y pero algo tímido con el conecta rápidamente. A partir de este momento, Gion decidirá unirse al equipo de rugbi Kanagawa, y compartir con sus compañeros de equipo numerosas aventuras.

La Humanidad perdió dos terceras partes de su población debido a un desastre natural: el hielo del continente Antártico se derritió y apareció la Atlántida, la civilización desaparecida hace 12.000 años. Debido a esto, revivieron los ángeles Caídos, una raza de seres alados que enviaron unas armas biomecánicas conocidas como Bestias Míticas a las ciudades para capturar a la gente y extraer la energía biológica Purana. Los humanos excavaban en las profundidades del océano para encontrar las Máquinas Vectoriales, unas armas que se decía que eran capaces de vencer a los ángeles Caídos. Estas máquinas se combinan y forman el ángel Aquarion Mecánico. Para pilotar el Aquarion hace falta una persona con la habilidad Elemento compatible con el sistema; por eso se reunió a adolescentes candidatos a ser pilotos. Por fin, llegó el día en el que el ángel Aquarion Mecánico apareció.