Un grupo de científicos ha estado trabajando en un laboratorio secreto, tratando de crear el Pokémon más fuerte que exista. Para ello, han tomado ADN de una muestra de cabello fosilizada del legendario Pokémon Mew, utilizando el código genético de la evasiva criatura para crear a Mewtwo mediante la ingeniería biológica. Ignorantes del poder de su creación, los científicos y sus laboratorios son destruídos por Mewtwo cuando se despierta. Airado con sus creadores, Mewtwo jura vengarse del mundo...

Décima de las veintiséis películas basadas en el personaje de Zatoichi interpretado por Shintarô Katsu. En esta décima entrega, Zatoichi se entera del asesinato de un antiguo maestro suyo, Hikonoichi. Para ello intentará hablar con la hija de este que presenció la muerte de Hikonoichi. Sin embargo, ella se encuentra recluida en un burdel, por lo que Zatoichi deberá de llegar hasta ella para esclarecer lo sucedido y ajustar cuentas con los culpables.

La aventura comienza con el nacimiento del Pokémon más poderoso del mundo, creado por ingeniería genética utilizando el ADN del legendario Pókemon Mew. Determinado a probar su superioridad, Mewtwo reta a Ash, Pikachu y los mejores entrenadores a una competición de Pókemon como no ha habido otra igual.