Después de haber sufrido numerosas guerras interestelares, la humanidad por fin se ha unido. Sin embargo aún hay muchas disputas y guerras entre los mismísimos miembros de la unión. Para resolver estas disputas, se crea una organización secreta conocida como GOTT ("Galactic Organization of Trade and Tariffs", lo que viene a significar "Organización Galáctica de Comercio y Tarifas"), que se dedica a entrenar agentes con poderes especiales para mantener el orden. Los agentes Eclair y Lumiere son dos chicas con asombrosas habilidades, que son asignadas como compañeras. Juntas, a medida que van luchando, van descubriendo más y más sobre la organización para la que trabajan. Al final, nada es lo que parece...

La trama se centra en la clase 3-E de la secundaria Kunugigaoka, que tiene por objetivo matar a su profesor: "Koro-sensei", un ser con tentáculos que destruye parcialmente la Luna dejando una permanente Luna creciente y amenaza con destruir la Tierra en el plazo de un año, a menos que uno de sus alumnos lo asesine antes de la graduación. Para motivar a la clase a acabar con Koro-sensei, el gobierno promete dar como recompensa 10 mil millones de yenes a quien lo consiga.

En un universo paralelo situado en un mundo de juego de rol, los estudiantes de la Academia Kunugigaoka son héroes en entrenamiento mientras que los estudiantes de clase 3-E son aquellos que poseen bugs —errores informáticos—, siendo considerados más débiles que los otros héroes. La clase 3-E tiene como tarea derrotar a su profesor, Koro-sensei, un Rey Demonio que intencionalmente les entrena para que algún día puedan ser capaces de derrotarlo.

Karen y Hikari se prometieron cuando eran pequeñas que un día compartirían un escenario. Sin embargo, tuvieron que separarse. Ahora que ha pasado el tiempo y han cumplido dieciséis años, los hilos del destino harán que sus caminos vuelvan a cruzarse y entren en el misterioso casting de Starlight, una compañía de teatro especializada en el baile y canto que viaja alrededor de todo el mundo, para dar juntas el salto a la fama.

Cansada de su hogar rural, la recién graduada universitaria Yoshino Koharu está desesperada por llevar una vida más emocionante en Tokio. Después de una infructuosa búsqueda de trabajo, finalmente recibe una oferta a tiempo parcial como reina del extraño "Reino de Chupakabura", una miniatracción en ruinas en el pequeño pueblo agrícola de Manoyama. Sin embargo, Yoshino descubre a su llegada a Manoyama que la confundieron con una celebridad y que la oferta de trabajo fue un error. Sin otras opciones, Yoshino acepta a regañadientes asumir el papel y ayudar a la Junta de Turismo en sus esfuerzos por revitalizar Manoyama. Decidida a traer emoción al pueblo moribundo con la ayuda de los residentes locales, la reina promulga una serie de proyectos para resaltar la belleza y el encanto de la cultura de Manoyama.

Cuando una rebelión derroca a la familia real del Imperio Tearmoon, la princesa Mia muere en la guillotina con tan solo 20 años. Para su sorpresa, al caer la hoja despierta en el pasado, concretamente ocho años antes, con lo que tiene una segunda oportunidad en su vida. Atormentada por el hecho de saber que morirá en la guillotina, la princesa se propone reformar el reino y evitar sufrir el mismo destino. ¿Podrá esta egoísta princesa aprender a ser una líder desinteresada pese a que su objetivo es salvarse a sí misma?

La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien le explica que ya está muerto, ese lugar es el Otro Mundo y lo invita a unirse a la "Shinda Sekai Sensen" (SSS) o Frente del mundo de los muertos (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo —el lugar donde ocurre la serie es una contraparte del purgatorio, mientras que en el purgatorio uno paga sus pecados, en este lugar se cumplen los deseos inconclusos—.

La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien le explica que ya está muerto, ese lugar es el Otro Mundo y lo invita a unirse a la "Shinda Sekai Sensen" (SSS) o Frente del mundo de los muertos (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo —el lugar donde ocurre la serie es una contraparte del purgatorio, mientras que en el purgatorio uno paga sus pecados, en este lugar se cumplen los deseos inconclusos—.

En este mundo las estrellas que tienen las habilidades lo son todo. Cuando la protagonista descubrió que su habilidad, Domador, no poseía estrellas algunas, no tardó en ver cómo la gente de su pueblo la despreciaba, ¡pues eso era señal de que atraería la desgracia! Exiliada, ahora viaja en solitario rebuscando entre la basura para sobrevivir. O así era hasta que conoció a Sora en el bosque, un pequeño y débil slime. Juntos prosiguen su viaje por la supervivencia e Ivy descubre que puede hacer mucho que ser una simple sinestrellas.