La serie está ambientada en el Japón, a finales del periodo Edo y cuenta la historia de Ran Tsukikage, una hábil chica samurái sin dueño (ronin) a la cual le encanta el sake. Ésta se encuentra por casualidad con una experta en artes marciales chinas llamada Myao, de la "escuela del puño felino" de artes marciales, la cual se le une en su viaje por diferentes pueblos y ciudades japonesas donde se enfrentan a diversas situaciones.

Como Mushishi o experto en Mushis, Ginko recorre el mundo ayudando a aquellos cuyas vidas se han visto trastornadas, de una forma u otra, al entrar en contacto con estas criaturas extrañas. Los Mushis habitan, en ocasiones, en los seres humanos, parasitándolos. A cambio, pueden otorgar habilidades extraordinarias a su anfitrión.

La historia tiene lugar a principios del siglo XX en Europa, donde Nadja es una niña a punto de cumplir 13 años que vive en un orfanato de la compañía inglesa. El día de su cumpleaños recibe por sorpresa un paquete con un vestido y el diario de su madre, a la que creía muerta. Este hecho hará cambiar su vida y desde ese momento vivirá con la ilusión y la esperanza de encontrar algún día a su madre. Con la llegada de un circo ambulante a la ciudad, Nadja ve la posibilidad de ir en su busca de su familia.

Töru cae enferma y es "rescatada" por Yuki Söma, el "príncipe" y chico deseado de su escuela. Cuando Töru amanece en casa de Yuki, se da cuenta de que el terreno en que ella estaba acampando pertenece a la afamada familia Söma. La casa que los Söma tienen en este terreno pertenece a Shigure. En eso aparece Kyö (primo de Yuki), con la intención de retar a Yuki a un combate. Töru intenta detener a Yuki y Kyö para que no peleen, pero, al hacerlo, tropieza con un pedazo de madera que había caído del techo, cayendo sobre Kyö, Yuki y Shigure. La sorpresa de Töru es enorme cuando ante el contacto con ella, los tres miembros de la familia Söma se transforman en animales.

Töru cae enferma y es "rescatada" por Yuki Söma, el "príncipe" y chico deseado de su escuela. Cuando Töru amanece en casa de Yuki, se da cuenta de que el terreno en que ella estaba acampando pertenece a la afamada familia Söma. La casa que los Söma tienen en este terreno pertenece a Shigure. En eso aparece Kyö (primo de Yuki), con la intención de retar a Yuki a un combate. Töru intenta detener a Yuki y Kyö para que no peleen, pero, al hacerlo, tropieza con un pedazo de madera que había caído del techo, cayendo sobre Kyö, Yuki y Shigure. La sorpresa de Töru es enorme cuando ante el contacto con ella, los tres miembros de la familia Söma se transforman en animales.

Jiyu Nanohana es una colegiala ordinaria hasta que se encuentra con un samurai de 300 años que le dice que es la reencarnación de Yagyu Jubei. Con la ayuda de "Lovely Eyepatch", ella se transforma en el legendario espadachín cada vez que necesita usar su increíble habilidad de lucha, lo que debe hacer con bastante frecuencia, ya que un clan rival está decidido a conquistar a Yagyu para satisfacer un viejo rencor familiar.