Nanoha Takamachi es una estudiante de tercer grado de primaria. Vive con sus padres, que tienen una cafetería, su hermana y su hermano, que están en la escuela secundaria y en la universidad, respectivamente. La vida normal de Nanoha cambia cuando oye una voz llamándola de vuelta a casa y termina rescatando un hurón herido (cuya forma humana es un niño arqueólogo, Yūno, que proviene de otro mundo). De él obtiene un cristal mágico llamado Raising Heart , que da a Nanoha poderes mágicos. Luego de su encuentro, Nanoha y Yūno deben conseguir las 21 "Jewel Seeds", cristales poderosos del mundo de Yūno que cumplen deseos y son peligrosos si caen en las manos equivocadas. Sin embargo, Nanoha y Yūno no son los únicos tras las Jewel Seeds.

Tras cientos de años escondidos, Mina Tepes, soberana de todos los vampiros desea un cambio. Usando la inmensa riqueza obtenida a lo largo de centenares de años, decide pagar la deuda externa de Japón a cambio de poseer un distrito propio cerca de la costa el cual se convertirá en el hogar de todos los vampiros. Ahora, en la víspera de la conferencia de prensa que anuncia la existencia de los vampiros al mundo, terroristas y las facciones rivales tratan de asesinar a Mina Tepes antes de que pueda anunciar la existencia de los vampiros.

Una noche, mientras caminaba hacia su casa desde la tienda de conveniencia un chico de secundaria Ayumu Aikawa es asesinado por un asesino en serie, y este es devuelto a la vida por una nigromante llamada Eucliwood Hellscythe. Las cosas se ponen aún más extrañas para él cuando accidentalmente roba un uniforme de una chica mágica, y por lo tanto sus poderes! Haruna, la ex-chica mágica, le ordena luchar en su lugar contra las criaturas del mal conocido como Megalo, hasta que pueda ella encontrar una manera de recuperar sus poderes de nuevo.

Nozomu Itoshiki quiere morir. Desde los primeros rayos de sol hasta la llegada de la noche, todos los esfuerzos de este joven profesor están dedicados a acabar con su vida. Sin embargo, no importa si se trata de una cuerda de mala calidad, de una silla que no se mueve, de un revólver averiado o de una navaja sin filo, parece que el destino se entretiene manteniendo a Itoshiki-san en este mundo. Pero, irónicamente, la vida sigue, y este parco individuo debe asistir al primer día de clases en su nueva escuela: una preparatoria de mujeres, lo que no sería mayor sorpresa de no ser porque todas las chicas de su clase son severos casos de patologías mentales, desde una aterradora hikikomori, una inmigrante ilegal, una acosadora, una obsesiva-compulsiva y hasta una chica que sólo se comunica a través de su teléfono móvil. Así, inspirado por la situación, Itoshiki-sensei lo dará todo para alcanzar su máximo objetivo: fallecer en el menor tiempo posible.