Estamos en 2022 El ecosistema de la Tierra está más que nunca en peligro.Los japoneses luego recurren a las técnicas ancestrales de su país para crear sus propios recursos naturales.Se aprueba la Ley Ninja y todos los ciudadanos deben someterse a un entrenamiento ninja. Japón es una vez más una sociedad ninja. Pero, en las sombras, acecha la amenaza de la Serpiente Arco Iris, un grupo de ninjas malvados.Pero Rentaro Kagura no lo escucha así. ¡Como Kamen Rider Shinobi, se opone a ellos!

Fukuhara Kota es un estudiante universitario que tiene una mala suerte anormal que lo acosa dondequiera que vaya. La vergüenza por sus continuas y cómicas desgracias le impide hacer amigos. Un día, Shinomiya Naoya, un atractivo compañero de estudios con el problema opuesto (buena suerte sobrenatural que le trae muchos amigos), lo rescata de un casi accidente. Kota está agradecido por la ayuda de Naoya y para intentar contrarrestar su mala suerte le pide a su nuevo conocido que sea su amigo... pero expresa su solicitud de forma errada, lo cual hace que Naoya crea que le está pidiendo salir y, sorprendentemente, acepta la solicitud. De esta forma el dúo se embarca en una relación poco común.