La guerra en el planeta Graceland se había extendido por mucho tiempo. El Gobierno de la Federación De La Tierra, temeroso que la guerra pudiera expandirse a otros planetas, decidió destruir Graceland con bombas de fotones. Resta una semana para que expire el plazo fatal. Angélica Burns es una detective del Gobierno de la Federación De La Tierra que ha perseguido durante cuatro años a un reconocido criminal o "coyote", como se hacen llamar. Este criminal es conocido como "Mister". Angélica se dirige a la prisión de Sandvil siguiendo una pista que conduce a Mister, cuando...

En un universo paralelo situado en un mundo de juego de rol, los estudiantes de la Academia Kunugigaoka son héroes en entrenamiento mientras que los estudiantes de clase 3-E son aquellos que poseen bugs —errores informáticos—, siendo considerados más débiles que los otros héroes. La clase 3-E tiene como tarea derrotar a su profesor, Koro-sensei, un Rey Demonio que intencionalmente les entrena para que algún día puedan ser capaces de derrotarlo.

La trama se centra en la clase 3-E de la secundaria Kunugigaoka, que tiene por objetivo matar a su profesor: "Koro-sensei", un ser con tentáculos que destruye parcialmente la Luna dejando una permanente Luna creciente y amenaza con destruir la Tierra en el plazo de un año, a menos que uno de sus alumnos lo asesine antes de la graduación. Para motivar a la clase a acabar con Koro-sensei, el gobierno promete dar como recompensa 10 mil millones de yenes a quien lo consiga.

La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien le explica que ya está muerto, ese lugar es el Otro Mundo y lo invita a unirse a la "Shinda Sekai Sensen" (SSS) o Frente del mundo de los muertos (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo —el lugar donde ocurre la serie es una contraparte del purgatorio, mientras que en el purgatorio uno paga sus pecados, en este lugar se cumplen los deseos inconclusos—.

La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien le explica que ya está muerto, ese lugar es el Otro Mundo y lo invita a unirse a la "Shinda Sekai Sensen" (SSS) o Frente del mundo de los muertos (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo —el lugar donde ocurre la serie es una contraparte del purgatorio, mientras que en el purgatorio uno paga sus pecados, en este lugar se cumplen los deseos inconclusos—.