Conan viaja a Singapur, concretamente a la famosa Marina Bay Sands, escenario en el que se ha producido un cruento asesinato. La investigación parece girar en torno a una gema legendaria conocida como 'Zafiro Azul', que lleva sumergido en el océano desde finales del siglo XIX. Makoto Kyôgoku ayudará al joven detective a detener a Kaitō Kid, quien quiere robar la tan preciada joya.

La historia ocurre en un futuro lejano, en el año 2199 la Tierra fue bombardeada por asteroides radiactivos provenientes del planeta Gamilus, por lo que la humanidad se encuentra en peligro de extinción. En la órbita de Marte, los cadetes Kodai Susumu y Shima Daisuke encuentran una nave espacial accidentada que contiene un mensaje de la reina del planeta Iscandar, en la que ofrece su ayuda a los habitantes de la Tierra proporcionándoles un plano para la construcción de un motor que les permitirá viajar más rápido que la luz y así poder alcanzar, en menos de un año, el sistema Sunzar, donde se encuentra el planeta Iscandar. En ese planeta, los humanos tendrán acceso al limpiador de cosmos, que eliminará la radiación de la Tierra y restaurará el planeta en poco tiempo. El motor es contruído e instalado en el acorazado Yamato, lo que iniciará el viaje lleno de contratiempos.