El pasado de Jason Bourne vuelve por él. En la segunda entrega de la saga de tres películas basadas en la vida de Jason Bourne, un ex agente de la CIA que pierde la memoria y mientras lucha por recuperarla y lograr saber quién es en realidad, se ve involucrado en una red de espionaje y manipulación de gobiernos por parte de los Estados Unidos donde será perseguido por asesinos profesionales, mercenarios paramilitares, y ex compañeros de la CIA.La película comienza en Goa, India, donde Jason y Marie se han ido a vivir para esconderse de Treadstone, pero allí un antiguo agente de la compañía les localiza y persigue. Jason Bourne comienza su aventura para descubrir su pasado recordando parte de este, y persiguiendo al agente, que además se está haciendo pasar por él.

Viena 1945. Christine una niña acostumbrada a la guerra se tiene que hospedar junto a su familia en una acomodada casa a las afueras de Viena. Ahora tienen un techo donde cobijarse pero nada más. La gente del pueblo espera la llegada de los rusos. Todos tienen miedo, Chirstine no.

En la Rusia post-comunista, Luna-Park es el lugar de encuentro de la banda de extrema derecha "Los Limpiadores", de la que Andrei es el capo. Tienen la misión de purificar Moscú de las minorías que, según ellos, manchan la capital: extranjeros, homosexuales y, especialmente, judíos.