Cuando una persona sienta rencor, Jigoku Shōjo aparece y envía al infierno a la persona causante de ese odio. No obstante, el usuario deberá sellar un contrato con ella antes de ejecutar la venganza, y el precio a pagar es siempre muy alto. La serie es básicamente una colección de relatos independientes, cada uno de los cuales cuenta la historia del sufrimiento de una persona distinta a manos de uno o varios sujetos, el contrato con Enma Ai y el castigo al que el agresor es sometido por ella. Durante cada historia, los dramas se relatan en detalle desde el comienzo de su acoso, y progresivamente el aumento de la angustia sufrida por el protagonista hasta que se siente incapaz de soportar más su tormento, hasta el punto de requerir la ayuda de la chica del infierno.

Mishishio Nagasumi decide irse de vacaciones a la playa para visitar a su abuela. Dentro del agua, y alejado de la orilla, un calambre en la pierna causa que esté a punto de ahogarse; sin embargo, una sirena llamada San le salva la vida. Debido al código de honor existente entre tritones, sirenas y humanos una de las partes debe morir. Para evitar esto, San le propone casamiento a Nagasumi. Sin embargo su padre, mafioso al estilo yakuza, expresando su total desacuerdo le hará sufrir mil desventuras a su futuro yerno.

La protagonista es Yume Kikuchi, una adolescente de segundo año de bachillerato e hija de una reconocida maga. Ella se traslada en las vacaciones de verano desde su pueblo natal a Tokio para aprender con el maestro Masami Oyamada. Durante su estancia intentará desarrollar y controlar sus poderes, a la vez que debe conocer y adaptarse a las exigencias, reglas y prohibiciones para los magos. La acción transcurre en un Japón contemporáneo y muy similar al verdadero, pero donde los magos existen y son controlados por una agencia del gobierno. Los magos acreditados pueden ser contratados por las personas que requieran de sus servicios. Naturalmente algunas personas los aceptan y otras los rechazan.

Narra la historia acerca de la llamada Maldición de Oyashiro-sama, consistente en el asesinato de una persona y la desaparición de otra, que se cumple todos los años en la tranquila villa de Hinamizawa desde unos incidentes de 5 años atrás durante la noche festiva del Watanagashi. Keiichi Maebara y su grupo de amigos, que hasta esa noche viven tranquilamente en la villa, se ven envueltos en el caso de la maldición en las varias sagas. Cada una de estas sagas revela varios detalles acerca la "maldición" y tiene un final distinto que acaba, normalmente, con el asesinato de algunos miembros del grupo.