En 2012, entre los eventos de Digimon Adventure tri. y Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, los DigiDestined de la edad adulta temprana (Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari y Ken) deben reconciliar sus nuevas responsabilidades con sus socios Digimon. Pero Rui Owada, un joven misterioso, parece afirmar ser el primer humano en asociarse con un Digimon-Ukkomon. ¿Podría Rui realmente haber sido el primer DigiDestined?

Han pasado 10 años desde que Tai y Agumon se conocieron y comenzaron su aventura en el mundo digital. Tai se ha convertido en universitario mientras que Matt y los otros han seguido sus propios caminos en la vida. Pero una serie de incidentes alrededor del mundo hace que los niños elegidos se reúnan de nuevo para combatir al causante: Eosmon. Durante la batalla, algo sale mal con las evoluciones de Agumon y los otros Digimones y sale a la luz una impactante verdad… Cuando un niño elegido se convierte en adulto, su Digimon deja de existir. Si no lucha, Tai perderá a sus amigos, pero si lo hace tendrá que despedirse de un compañero que pensaba que estaría siempre a su lado. ¿Cuál será la respuesta del vínculo entre Tai y Agumon ante este destino inevitable?

Todo sucede en un edificio de apartamentos en el que habitan varios espíritus. Cerca de él se muda a vivir una estudiante universitaria llamada Rin de 18 años, quien acaba involucrándose en varios problemas del edificio tras descubrirlo y acaba sabiendo la verdad sobre el lugar.