"Desert Punk" es un anime basado en un mundo destruido a causa de una guerra a escala mundial. La civilización del año 3000 (aprox.) que vivía en la "Era de la Oscuridad" finaliza con una guerra nuclear que altera el mundo y convierte a la mayoría del planeta Tierra en un inmenso desierto. El protagonista, Kanta Mizuno, conocido como el "Rebelde del Desierto" o "Desert Punk", vive en el desierto de Kanto, ubicado en lo que antiguamente era Japón, como un mercenario a sueldo. Su fama se debe a que siempre termina sus trabajos y que usa distintas habilidades, en su mayoría algo caseras, para derrotar a sus enemigos...

La historia comienza cuando un niño llamado Daichi se acerca a una mansion que es también una tienda de articulos navideños. Como la casa apareció de un día para otro en el paraje, todos creen que es una mansión embrujada, por lo que él desea fotografiarla para agradar a la muchacha que le gusta. Al entrar se encuentra con Ai, Mai, Mii, Unagui y Mare; tres alegres hermanas, su hurón mascota y su sirvienta respectivamente. Al conocerse ellas deciden ayudarlo a cambio de que las lleve a lugares donde haya "popotan" que es la pronunciación que le dan a Tanpopo, la palabra nipona para diente de león. Tras ayudarse mutuamente y resolver sus problemas se convierten en buenos amigos, pero una tarde que Daichi va a visitarlas ve desaparecer lentamente el edificio en medio del vuelo de los diente de león.

La historia sigue a Toya Fujii, un estudiante universitario, y su relación con su interés romántico la cantante Yuki Morikawa la cual es una ídolo que se esta haciendo famosa, así como sus interacciones con la senpai de Yuki, Rina Ogata. La historia prosigue, mostrando como las vidas de Toya y de Yuki se enfrentan a los ojos de los demás.

La historia trata de Aoyagi Kanna, una chica de dieciséis años a quien su hermana de veintiocho años, que trabaja en una empresa de eroges (juegos eróticos), propone ser la dobladora de uno en su 16º cumpleaños. Al principio lo rechaza, hasta que se pone a pensar en todo lo que su hermana ha hecho por ella y acepta el trabajo. Muy pronto, Kanna descubrirá que el trabajo no es tan fácil cuando se es una estudiante de instituto y demasiado inocente como para saber algo de los eroges.

La historia de espada y brujería se desarrolla en un instituto que reúne a los “salvadores”, jóvenes con recuerdos de vidas pasadas que han surgido a la luz. Algunos de ellos son Shirogane, que luchan contra sus enemigos con armas y técnicas obtenidas con los poderes Puraana que emanan de sus cuerpos. Otros son Kuroma, que destrozan a sus enemigos con un poder mágico con el que dominan unos poderes Maana que rompen las leyes de la física. Un muchacho llamado Moroha Haimura entra a este instituto, y es el primero de la historia cuyas vidas pasadas incluyen tanto Shirogane como Kuroma.

Los virus son criaturas que se alimentan de las almas de aquellos seres humanos capaces de verlos. Ruchia y Sumire son dos amigas que se encargan de exterminar a estos virus "a pedido" usando como cubierta una tienda de antigüedades, a donde acuden solo aquellos capaces de ver a los virus.

Gon Frecks, un niño de 12 años, vive con su tía Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, él es quien le dice que su padre Gin está vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.

Gon Frecks, un niño de 12 años, vive con su tía Mito y su abuela en Isla Ballena, huérfano de madre y según su tía también de padre. Un día Gon es atacado por un oso del bosque, pero es salvado por un cazador quien le explica que está en busca de su maestro para así convertirse en un cazador, él es quien le dice que su padre Gin está vivo. Enterado de esto Gon decide convertirse en cazador para poder encontrar a su padre.