Un criminal que se ha dado a la fuga se esconde en una granja de Dakota del Norte de sus perseguidores. Allí, conoce a Wesley, un niño sordo que vive en una casa al lado de la granja. De forma inesperada, los dos se hacen amigos. Sin embargo, conforme ambos comienzan a confiar en el otro, el criminal debe decidir qué lado escoger: si huir y luchar por su libertad, o seguir las enseñanzas que está aprendiendo y dejarse capturar.

Michelangelo, Donatello, Leonardo y Raphael regresan junto con April O’Neil, Vern Fenwick y un nuevo vigilante enmascarado, Casey Jones, para combatir a unos villanos aún más malignos y poderosos. El súper villano Shredder escapa de prisión y une sus fuerzas con el científico loco Baxter Stockman y sus dos secuaces, Bebob y Rocksteady, para llevar a cabo un diabólico plan para conquistar el mundo. Mientras las Tortugas se preparan para enfrentarse a Shredder y su banda, tendrán que luchar también con un nuevo enemigo, incluso más poderoso, y también con intenciones malignas: El General Krang.