En esta nueva versión, Stitch está huyendo en la nave espacial de Jumba cuando se ve atrapado en una tormenta espacial y tiene que realizar un aterrizaje de emergencia en la isla de Izayoi, una isla ficticia en la prefectura de Okinawa, la parte más meridional del Japón. Allí Stitch conoce a Yüna, una chica de cuarto curso que sabe kárate y vive con su abuela. Yüna le cuenta a Stitch la historia de la Piedra de Chitama, un objeto misterioso que puede hacer realidad cualquier deseo. Sin embargo, Stitch tendrá que realizar 43 buenas acciones para recibir su deseo.

A raíz de la destrucción de una guerra mundial, la ciudad Olympus se ha convertido en el centro de control del mundo. Dirigido por Bioroides (seres humanos clonados a partir solo de los mejores ADN), este se defiende de los terroristas con las fuerzas militares especiales. Entre estos se encuentran la ex miembro de SWAT del LAPD Deunan Knotts y su compañero cyborg: Brialeos. Se enfrentan a un desafío del Frente de Liberación Humano y sus terroristas los Argonautas.

Hideki es un chico de Hokaido que llega a la gran ciudad de Tokio para ir a la universidad. Al instante queda anonadado por la gran variedad y cantidad de Persocoms: ordenadores personales diseñados para que se parezcan y actúen como animales o incluso personas. Hideki es pobre y no tiene dinero para comprarse uno, pero no puede dar crédito a sus ojos cuando ve un Persocom entre los cubos de la basura. Sin embargo, este regalo del destino se convierte en todo un misterio ya que su Persocom, Chi, es capaz de funcionar sin sistema operativo. ¿Será de verdad?

Hideki es un chico de Hokaido que llega a la gran ciudad de Tokio para ir a la universidad. Al instante queda anonadado por la gran variedad y cantidad de Persocoms: ordenadores personales diseñados para que se parezcan y actúen como animales o incluso personas. Hideki es pobre y no tiene dinero para comprarse uno, pero no puede dar crédito a sus ojos cuando ve un Persocom entre los cubos de la basura. Sin embargo, este regalo del destino se convierte en todo un misterio ya que su Persocom, Chi, es capaz de funcionar sin sistema operativo. ¿Será de verdad?