Ayumi Mamiya es una bruja maldecida a perder sus poderes, pero hay un chico, Haruo Yoshikawa, que puede romper el encanto para poder recuperar sus poderes. Haruo cree que es un chico normal, pero no sabe que sus tres hermanas son brujas y que le protegen con sus poderes. Ayumi quiere despertar los poderes que Haruo posee sin saberlo, pero sus hermanas no lo desean.

Mishishio Nagasumi decide irse de vacaciones a la playa para visitar a su abuela. Dentro del agua, y alejado de la orilla, un calambre en la pierna causa que esté a punto de ahogarse; sin embargo, una sirena llamada San le salva la vida. Debido al código de honor existente entre tritones, sirenas y humanos una de las partes debe morir. Para evitar esto, San le propone casamiento a Nagasumi. Sin embargo su padre, mafioso al estilo yakuza, expresando su total desacuerdo le hará sufrir mil desventuras a su futuro yerno.

La historia gira en torno a los “Minimum” o “Minor Miracle”, unos poderes especiales hereditarios que sólo se han descubierto en un número muy limitado de seres humanos. A estas personas se las conoce como los “Minimum Holders". Nice y Murasaki, dos detectives privados de la agencia Hamatora,deciden investigar qué se esconde detrás de estos extraños poderes (que ellos mismos poseen) y descubrirán una trama que pondrá en peligro a toda la ciudad.

La historia gira en torno de Kyouhei, un estudiante de universidad que creció en una remota villa que adora a una especie de robots, de nombre kukuri, como si fueran dioses. Kyouhei toma la decisión lógica de todo habitante de pueblos como Silent Hill o Hinamizawa, se muda lejos, concretamente a Tokyo y se olvida de su vida anterior. Sin embargo, se encuentra con su hermana menor Utao y su kukuri en Tokyo. Ella está ahí para avisarle sobre un fugitivo de nombre Aki y quien junto a su propio kukuri, es el culpable de un horripilante crimen que Kyouhei acaba de presenciar. Evidentemente, se da cuenta que no puede escapar de las tradiciones de su villa.