Si bien la joven Angelique vive sus días en paz en su escuela, los ataques de los monstruosos Thánatos han ido en aumento por todas partes. Dos Purificadores, los hombres con el poder de exterminar los Thánatos, aparecen un día. Uno de ellos, Nyx, intenta convencerla de unirse con ellos en su trabajo, ya que ella tiene el poder de la única mujer Purificadora pero Angelique duda. Entonces un Tánatos aparece en su escuela, Nyx y el otro Purificador, Rayne, luchan en una batalla perdida. Con sus compañeras de clase siendo presa del Thánatos, y los Purificadores siendo golpeados en su presencia, Angelique del deseo de salvarlos a todos despierta y se convirte en la única mujer Purificadora en la tierra de Arcadia, aquella conocida como el "Queen's Egg" ("Huevo de la Reina").

Burst Angel Animes, El país está viviendo un momento de mucha delincuencia, Los ciudadanos temen en salir a las calles, Por un gran por ciento que usa armas. Esta razón los policías de R.A.P.T prefiere matar a los delincuentes en ve de llevarlos a la cárcel. Las calles de Tokio se han convertido en un atierra de nadie. Los gobiernos aprueban una ley que dejara más de uno asustado.

Después de ser reconocida a lo largo de todo su camino escolar, Yukino Miyazawa ha llegado a la escuela preparatoria para seguir con su trayectoria de perfección de una estudiante brillante, hermosa y humilde. Aunque en realidad es egoísta, vaga y caprichosa reconociendo que su comportamiento en la escuela es una gran farsa. Empezado el año Yukino se encontrará con un rival: Sōichirō Arima, un apuesto joven de una familia rica con exelentes calificaciones. Yukino dedicará todo su esfuerzo a superarlo, pero cuando éste confiesa que está enamorado de ella lo rechaza sin miramientos y se jacta de ello en casa. Sin embargo, Sōichirō descubre descubre su verdadera personalidad y utiliza esa información para chantajearla para que haga su trabajo dentro del consejo estudiantil.

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Yuuichi Aizawa se va a vivir a la casa de su prima Nayuki, en un diferente pueblo, aunque el solía pasar las vacaciones en este pueblo, el no había vuelto desde hace 7 años y además por alguna razón el casi no guarda ningún recuerdo de lo que paso cuando solía venir a visitar el pueblo, pero a medida que va conociendo a diferentes chicas, que al parecer el nunca había visto, va recordando poco a poco importantes fragmentos de su pasado que lo llevaran a descubrir lo que le paso en este pueblo hace siete años y la razón por la que no recuerda nada acerca de esto.