Casey es un chico occidental cuya pasión por la filosofía ninja le lleva hasta Japón para estudiar Ninjutsu. Su instrucción avanza favorablemente y su Sensei le pregunta si estaría dispuesto a volver a Nueva York para proteger la legendaria Yoroi Bitsu, un arcón blindado que contiene las armas de los últimos Ninja Koga.

Año 2084. Después de décadas de sangrientas luchas, una fuerza invasora alienígena está a punto de destruir lo poco que queda del mundo. En un desesperado intento por salvar la raza humana, un soldado de la guerrilla, de nombre Miri, recurre a la máquina del tiempo. A sólo 72 horas del plazo límite previsto para el inicio de las Guerras Alienígenas, convence a Miyamoto, un francotirador experto en artes marciales, para que se una a su causa.

Space Battleship Yamato nos situa en el año 2199, cinco años despues que apareciesen unos misteriosos alienigenas llamados Gamilas y empezasen a atacar a la Tierra con meteoritos gigantes y dejar su superficie totalmente inhabitable por culpa de la radiacion post-bélica. A la raza humana apenas le queda un año de vida cuando se recibe un enigmatico mensaje proveniente del lejano planeta Iscandar, asegurando que poseen un artilugio capaz de eliminar la radiacion de la Tierra y ofreciendo su ayuda a los humanos. Decididos a salvar el planeta, las Fuerzas de Defensa reconstruyen el acorazado espacial Yamato para poder realizar el increíble viaje que les llevara a mas de 150.000 años luz de distancia en busca de un desconocido planeta que puede ser la ultima esperanza para la raza humana y para la Tierra.