Cuando los «aliens» con forma humana amenazan la Tierra, una nueva agente y otro veterano del MiB emprenden una misión para salvar el mundo (y su propia organización).

Henri “Papillon” Charrière está en la cárcel por un crimen que no ha cometido. Condenado a cadena perpetua y enviado a una prisión de la Guayana Francesa, salva la vida a otro preso, Louis Dega, un falsificador de documentos que decide ayudarle a escapar. Juntos planean el más increíble plan de fuga.