Joe Armstrong, el único ninja estadounidense, y su compañero y entrenador, Curtis Jackson, son enviados a una isla del Caribe en la que han desaprecido misteriosamente un gran número de marines norteamericanos. Una vez allí, y ayudados por la hija de un científico que también ha sido secuestrado, descubrirán que el responsable es un gran traficante de drogas que pretende crear un ejército de ninjas perfectos, mediante la ingeniería genética.

John Kruger, Eraser, es un destacado oficial del Programa Federal de Protección de Testigos. Ahora se enfrenta a un gran reto profesional: suministrar una nueva identidad a Lee Cullen. Esta joven ha descubierto una conspiración en la que están implicados importantes personajes de la política y la industria armamentística, por lo que su supervivencia está en manos de Eraser.