La historia nos presenta a un chico de instituto de la era actual llamado Yoshiharu Sagara que acaba siendo transportado a la Era Sengoku, donde descubre que todos los grandes guerreros de la época son mujeres. Oda Nobuna, una chica monísima que resulta ser un señor de la guerra, se encuentra con Yoshiaru y decide bautizarle como su “mono” para acogerle así bajo su cuidado y que este le ayude en sus planes de conquista.

Nichijou se centra principalmente en las travesuras diarias de un trío de chicas amigos de la infancia de la preparatoria Mio Naganohara, Yuko Aioi y Mai Minakami-cuyas historias se entrelazan en breve con el joven genio Hakase Shinonome, su robot cuidador Nano y su gato que habla Sakamoto. Con cada día que pasa, la vida de estos seis, así como de las muchas personas que les rodean, experimentan tanto las calmas de la vida normal y la demencia de lo absurdo. Caminando a la escuela, ser mordido por un cuervo hablando, pasar tiempo con amigos, y ver al director suplex un ciervo: todos ellos están en un día de trabajo en las extraordinarias vidas diarias de los de Nichijou.

Historia que sigue a Hotaro, un joven estudiante que entra por orden de su hermana en vez de por propio interés en el Clud de Literatura Clásica de su escuela. Hotaro junto es acompañado junto a sus compañeros de club en la investigación de un misterioso incidente ocurrida hace 33 años en el que está implicado el tío de una de las integrantes del Club de Literatura.