Una raza alienígena se propone invadir la Tierra, pero se encuentran con la resistencia de Gamera, a quien deciden someter para tenerlo a su servicio. Para ello secuestran a dos niños a los que la tortuga había protegido y así consiguen implantarle un controlador para que obedezca todas sus órdenes. Gamera comienza a atacar Japón sin que nadie pueda evitarlo.

La historia narra la batalla por la colina 203 durante la guerra ruso-japonesa en 1905. La colina fue capturado con la pérdida de muchas vidas en ambos lados, japoneses y rusos. La captura de la colina permitió al ejército japonés poner presión sobre la flota rusa del Pacífico, asegurando así la victoria japonesa, al mando del Almirante Togo , en la batalla naval siguiente.

En el mes de febrero de 1954, con una tripulación de veintitrés hombres, un bote pesquero, el "Dragón de la suerte nº 5", partió del puerto de Yaizu, prefectura de Shizuoka. En busca de atún, el destino final del viaje eran las Islas Bikini, en el Pacífico Sur. El primero de marzo a las 3:42 de la mañana los hombres ven una nube amarillenta ascendiendo hacia el cielo. Cubiertos de cenizas, nadie en la tripulación es consciente del peligro que los acecha. Sin saberlo en ese momento, serán víctimas de la lluvia radioactiva luego de la prueba de la bomba de hidrógeno realizada por el ejército americano en el atolón Bikini.