Un accidente durante las pruebas de un escudo magnético artificial antiplasma en el campo de prácticas de la Fuerza de Autodefensa Terrestre de Japón en el este de Fuji envía a la 3.ª Compañía Experimental Especial, bajo el mando del Coronel Matoba, en un viaje temporal de 460 años hacia el pasado, a la "Era de la Guerra civil". '. Al mismo tiempo, una anomalía de número imaginario que se cree que es causada por una interferencia del pasado comienza a erosionar el presente.

Shouichi se encuentra con una adolescente llamada Sayaka , que huyó de una instalación militar debido a un ataque de los Ant Lords, que tiene una habilidad sobrenatural para prever el futuro. Risa Fukami , del grupo militar GA, quiere usar ese poder para mejorar el Sistema G4 recién creado, que se basó en diseños robados de Ozawa .Ahora, Agito y Gills deben luchar para detener el ataque de Ant Lords, mientras G3 y G4 establecen su puntuación.