El clan de Mori Igamori guarda el cañón Shikainami de Ieyasu Tokugawa, la única reliquia en armas de fuego de gran calibre que se preservó después de la guerra civil. El chambelán lo ha mandado fundir y en secreto se está fabricando uno nuevo y más grande. Al tanto del suceso, el gobierno programa una inspección para comprobar que el Shikainami se conserva en perfecto estado, por lo que la única salida que le queda al clan es contratar a los Cazadores de Sombras para que les ayuden a transportar el cañón nuevo y lo hagan pasar por el antiguo.

La familia de Shizu-hime (Hiroko Yakushimaru) es asesinada, pero ella escapa y es encontrada por el vagabundo Shinbei (Hiroyuki Sanada), antes de ser rescatada de sus perseguidores por Dosetsu (Sonny Chiba). Este le cuenta la historia sobre la maldición que acarrea su familia y la manera para vencerla: encontrar a los ocho guerreros-perro para poder destruir a la malvada reina Tamazusa (Mari Natsuki), responsable de la muerte de su familia. Sin embargo, al conocer la identidad de Shizu-hime, Shinbei intentará cobrar la recompensa por su captura.

Nos encontramos en un futuro lejano e indeterminado donde existen dos mundos: la ciudad flotante donde viven los mejores seres humanos entendidos como una raza superior, y la ciudad de los desperdicios, que es la tierra, donde va a parar toda la basura de la ciudad flotante y donde se encuentran los yonkis, renegados, androides, y el resto de humanos calificados de purria. En el mundo de los desperdicios un doctor y mecánico de cyborgs llamado Ido encuentra una cabeza de androide con cerebro humano a la que llama Alita (Gally) a la que consigue un cuerpo. A partir de ese momento convivirán juntos, casi como padre e hija, pero Alita no recuerda nada de su pasado y en lo más profundo de su ser sabe que está destinada a usar su fuerza y bondad para ayudar a la gente. Alita tiene la apariencia de una jovencita feliz e inocente, y poco a poco irá descubriendo cosas de su pasado que harán que ella intente cambiar las cosas.