En un mundo compuesto por numerosas islas, un joven héroe de la Isla Astora se encuentra con el aventurero Kyle, y lo sigue en una expedición. Por el camino se encuentran con una chica misteriosa llamada Iris y un gato blanco que habla, y juntos se dirigen a las ruinas de la isla, donde encuentra una isla voladora. Kyle es consumido por la oscuridad allí, y el grupo decide viajar hasta los confines del mundo en la isla voladora para encontrar las siete «Grandes Runas», siguiendo las palabras de Kyle antes de desaparecer».

El argumento se centra en personajes como Kyo Kusanagi, Terry Bogard, Ryo Sakazaki y varios mas, antes y durante su participación en el torneo "The King of Fighters", así como también en los eventos y misterios que hay detrás del mismo, donde antiguas fuerzas sobrenaturales querrán ser apoderadas por villanos con sed de poder y dominio.