La historia original de Cyborg 009 gira alrededor de nueve inocentes que son convertidos a cyborgs en contra de su voluntad por la organización Black Ghost. Sin embargo los nueve elegidos se volverán en contra de sus captores con el fin de desbaratar los planes de la misteriosa organización y salvar a la humanidad haciendo uso de las nuevas habilidades que posee cada uno de ellos.