Centrada en el ala de Obstetricía y Ginecología de un hospital universitario, Gyne narra la historia del día a día laboral de los especialistas en esta área médica. Hiragi Nachi es una obstetra reservada, quien está en su quinto año de trabajar como cirujana de cesárea en la sala de maternidad del hospital. Debido a un incidente traumático, ella sigue una filosofía de preservar la vida y nunca abandonaría a sus pacientes, incluso si eso significa asumir altos riesgos. Una noche, mientras trabajaba en el turno del cementerio, Nachi realiza una cesárea de emergencia peligrosa. Sin embargo, cuando el paciente muere a causa de una pérdida severa de sangre, la familia de la mujer presenta una demanda contra Nachi por mala práctica.