Durante el periodo de guerra entre estados o Sengoku, un ronin llamado Nanashi, que significa "sin nombre", salva a un niño llamado Kotarou y a su perro Tobimaru en un templo abandonado. Kotarou no tiene familia y es perseguido por una misteriosa organización militar de China, por lo que contrata a Nanashi como guardaespaldas. Nanashi, que ha abandonado su nombre junto a su pasado, ha "sellado" su espada debido a un suceso pasado por el que es atormentado en forma de pesadillas. El encargado de perseguir a Kotarou es un hombre llamado Rarou, que pertenece a la organización de origen chino y que esta bajo las ordenes de un anciano llamado Byakuran, aunque, a diferencia de sus compañeros, Rarou no posee un concepto de "Rey" y solo busca luchar contra el más fuerte.

Shinobi no Kuni nos presenta a Mumon (Satoshi Ono) un personaje que a pesar de ser muy perezoso es también el mejor shinobi de la provincia de Iga. Un día, él mata a un shinobi de una familia diferente para una recompensa. Mumon no sabe que sus acciones conducirán a una batalla mortal entre el cuerpo del shinobi de la provincia de Iga y el cuerpo de Nobukatsu Oda en Ise.

La historia gira en torno a Nishimi Kaoru, un estudiante de primer año de Preparatoria que tiene que mudarse a Sasebo, en Nagasaki, para vivir con sus familiares después de que su padre muera. Allí conoce a sus compañeros de clase, Kawabuchi Sentaro, que es temido por todos porque tiene aspecto de delincuente, y Mukae Ritsuko, que es amiga de la infancia de Sentaro. A través de ellos, se enamora del piano y las técnicas de jazz. Por otro lado, Kaoru se ve envuelto en un cuadrado amoroso, pues se enamora de Ritsuko, pero ella está enamorada de Sentaro, quien a su vez está enamorado de Fukahori Yurika, una estudiante de 2º curso.