La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...

Naruto es un joven aprendiz de ninja marginado y temido en la Villa Oculta de la Hoja tanto por su carácter hiperactivo y gamberro como por el terrible poder sellado en su interior. Acompañado por el intenso Sasuke y la ingeniosa Sakura, Naruto comienza su aprendizaje decidido a convertirse en maestro Hokage, la más alta distinción entre los ninjas, para ganarse el reconocimiento de los suyos.

La historia se centra en Konoha, todos los personajes son chibis (diminutos) y el personaje principal es Rock Lee. Junto con Tenten, Neji, su sensei Maito Gai y los demás, viven aventuras extraordinarias mientras intentan detener el mal de Orochimaru y Kabuto. Rock Lee intenta ganar el amor de Sakura, compitiendo con Naruto. En esta serie los personajes son más exagerados de lo normal y normalmente hacen pequeñas bromas, lo que lo hace muy divertido a la vez.