La protagonista de la historia, Amu Hinamori, es una estudiante en la Primaria Seiyo. A primera vista, sus compañeros se refieren a ella como "genial y picante" y rumores se especulan sobre su vida personal. Sin embargo, su verdadera personalidad es la de una chica muy tímida que tiene problemas para mostrar su verdadera personalidad. Una noche, Amu desea tener el valor de mostrar sus "supuestos" sí. A la mañana siguiente se encuentra con tres huevos de colores-rojo, azul y verde-en su cama. Al principio, ella se alarma, pero se da cuenta que realmente deseo el poder de cambiar. Estos huevos eclosionan en tres personajes guardianes: Ran, Miki y Su. Los personajes guardianes ayudaran a Amu a descubrir quien es ella verdaderamente y cumplir sus sueños.

Jin Mikuriya, un estudiante miembro del club de arte en el instituto, talla una estatua de la madera de un árbol sagrado y ésta cobra vida en forma de una diosa llamada Nagi. Trabajarán juntos para destruir las impurezas que plagan la ciudad...

La historia trata de la vida de Fumi y Akira, quienes fueron amigas de la infancia hasta que Fumi tuvo que mudarse. Diez años después de no tener contacto alguno, ambas vuelven a encontrarse en la escuela. Ahi tratarán, además de volverse a conocer, lidiar con problemas escolares.

Yui es una chica que acaba de comenzar el instituto y cuya ilusión es unirse a algún club, aunque no sabe a cuál. Mio y Ritsu son dos amigas de la infancia que llegan juntas al instituto y deciden unirse al Club de Música Pop, o al menos es lo que Ritsu quiere y con ello arrastra a Mio en contra de su voluntad. El club ha perdido a todos sus miembros y solamente quedan ellas dos como nuevas, si no consiguen a dos miembros más en menos de 10 días les cerrarán el club. La fortuna hace que una chica que buscaba otro club acabe uniéndose a ellas y la cuarta en unirse al club será Yui. La cosa es que Yui no tiene ni idea de tocar instrumentos, al contrario que sus 3 compañeras, así que comenzará desde 0 y con mucha ilusión a tocar la guitarra para que juntas puedan tocar como Dios manda.

Yui es una chica que acaba de comenzar el instituto y cuya ilusión es unirse a algún club, aunque no sabe a cuál. Mio y Ritsu son dos amigas de la infancia que llegan juntas al instituto y deciden unirse al Club de Música Pop, o al menos es lo que Ritsu quiere y con ello arrastra a Mio en contra de su voluntad. El club ha perdido a todos sus miembros y solamente quedan ellas dos como nuevas, si no consiguen a dos miembros más en menos de 10 días les cerrarán el club. La fortuna hace que una chica que buscaba otro club acabe uniéndose a ellas y la cuarta en unirse al club será Yui. La cosa es que Yui no tiene ni idea de tocar instrumentos, al contrario que sus 3 compañeras, así que comenzará desde 0 y con mucha ilusión a tocar la guitarra para que juntas puedan tocar como Dios manda.

Yui es una chica que acaba de comenzar el instituto y cuya ilusión es unirse a algún club, aunque no sabe a cuál. Mio y Ritsu son dos amigas de la infancia que llegan juntas al instituto y deciden unirse al Club de Música Pop, o al menos es lo que Ritsu quiere y con ello arrastra a Mio en contra de su voluntad. El club ha perdido a todos sus miembros y solamente quedan ellas dos como nuevas, si no consiguen a dos miembros más en menos de 10 días les cerrarán el club. La fortuna hace que una chica que buscaba otro club acabe uniéndose a ellas y la cuarta en unirse al club será Yui. La cosa es que Yui no tiene ni idea de tocar instrumentos, al contrario que sus 3 compañeras, así que comenzará desde 0 y con mucha ilusión a tocar la guitarra para que juntas puedan tocar como Dios manda.

Yui es una chica que acaba de comenzar el instituto y cuya ilusión es unirse a algún club, aunque no sabe a cuál. Mio y Ritsu son dos amigas de la infancia que llegan juntas al instituto y deciden unirse al Club de Música Pop, o al menos es lo que Ritsu quiere y con ello arrastra a Mio en contra de su voluntad. El club ha perdido a todos sus miembros y solamente quedan ellas dos como nuevas, si no consiguen a dos miembros más en menos de 10 días les cerrarán el club. La fortuna hace que una chica que buscaba otro club acabe uniéndose a ellas y la cuarta en unirse al club será Yui. La cosa es que Yui no tiene ni idea de tocar instrumentos, al contrario que sus 3 compañeras, así que comenzará desde 0 y con mucha ilusión a tocar la guitarra para que juntas puedan tocar como Dios manda.

Yui es una chica que acaba de comenzar el instituto y cuya ilusión es unirse a algún club, aunque no sabe a cuál. Mio y Ritsu son dos amigas de la infancia que llegan juntas al instituto y deciden unirse al Club de Música Pop, o al menos es lo que Ritsu quiere y con ello arrastra a Mio en contra de su voluntad. El club ha perdido a todos sus miembros y solamente quedan ellas dos como nuevas, si no consiguen a dos miembros más en menos de 10 días les cerrarán el club. La fortuna hace que una chica que buscaba otro club acabe uniéndose a ellas y la cuarta en unirse al club será Yui. La cosa es que Yui no tiene ni idea de tocar instrumentos, al contrario que sus 3 compañeras, así que comenzará desde 0 y con mucha ilusión a tocar la guitarra para que juntas puedan tocar como Dios manda.

La serie comienza con el robo de la Partitura Legendaria por parte de Mephisto. Aphrodite, para evitar esto, dispersa las notas y manda a Hummy a buscar a las Pretty Cure para que puedan recuperarlas.

Okazaki Tomoya, un estudiante de último año de secundaria, al cual la vida no le ha mostrado su mejor lado.Su familia solo la conforma él y su padre que es adicto al alcohol y al juego. De camino hacia la escuela conoce a Furukawa Nagisa y apartir de ese momento su vida cambia para mejor; conoce a más amigos los cuales cuentan sus problemas y Okazaki al darse cuenta que no solo el tiene problemas comienza a ayudarlos.

Ryuuji Takasu es un estudiante de secundaria suave con un amor por el trabajo doméstico; pero en contraste con su naturaleza amable, que tiene una cara intimidante que a menudo se le etiqueta como un delincuente. Por otro lado es Aisaka Taiga, un pequeño, estudiante de muñeca, que es cualquier cosa menos una chica linda y frágil. Equipado con una katana de madera y personalidad enérgica, Taiga es conocida en toda la escuela como el "Tigre de bolsillo." Un día, un vergonzoso error hace que los dos estudiantes que se cruzan. Ryuuji descubre que Taiga en realidad tiene un lado dulce: ella se siente atraída por el vicepresidente popular, Yuusaku Kitamura, que resulta ser su mejor amigo. Pero las cosas sólo reciben más loco cuando Ryuuji revela que él está enamorado de la mejor amiga de Minori Kushieda-Taiga! Toradora! es una comedia romántica que sigue a este dúo extraño mientras se embarcan en una búsqueda para ayudar a los demás con sus respectivos aplasta, formando una alianza poco probable en el proceso.