En el año 2087, la Tierra está bajo ataque de un enemigos extraterrestres conocido como los Venomoides. Alrededor de la Tierra, hay un enorme anillo orbital conocido como el Anillo de la Tecnología Espacial, el cual se construyó mucho antes de la llegada de los invasores y solía estar habitado hasta que fue atacado por los "cangrejo-araña" unos monstruos bajo las órdenes de los Venomoides. En cuanto los extraterrestres atacan, los humanos que allí había huyeron o fueron asesinados y el Anillo fue abandonado, sirviendo sólo como un campo de batalla para la Fuerza de Defensa Aliada de la Tierra contra los invasores.

Desde hace mucho tiempo, en el antiguo Japón, el clan Sumeragi ha sido siempre el líder de los Onmyoujis, quienes guardan las almas y los espíritus. Esta historia nos muestra el fondo social y los sentimientos del joven líder de los Sumeragi, Subaru Sumeragi, su hermana gemela Hokuto Sumeragi, y su amigo Seishirou Sakurazuka, un generoso veterinario así como un mago del ying-yang, quien parece estar escondiendo el lado más oscuro de su carácter.  Los tres serán requeridos por distintas personas para que se hagan cargo de extraños sucesos que están teniendo lugar en la ciudad.

A diferencia de la principal serie de anime televisiva, que se desarrolla principalmente en el Japón actual, la nueva serie será una comedia de suspense "sala sellada" ambientada 100 años en el futuro. La historia comienza cuando Shinnosuke y toda la familia Nohara se despiertan de un sueño frío y se encuentran a bordo de una nave espacial a la deriva en el espacio. El anime representará los diversos eventos que tienen lugar dentro de la nave.

Dos fuera de serie es la historia de Juana Hazuki, una niña de trece años con una altura y una condición física fuera de lo normal que, por casualidad, descubre que en su nuevo colegio, el Hikawa, hay un equipo de voleibol. Una rivalidad con la estrella del equipo, Peggy Hayase, la hace ingresar en el equipo. Poco a poco Juana va descubriendo que el voleibol llena toda su vida y decide dedicarse al deporte en pleno. Esto le causa algún disgusto con su padre, cuya esposa le abandonó para poder dedicarse a su carrera profesional y no ve con buenos ojos que su hija dedique a una actividad todo su tiempo. En el voleibol Juana descubre valores importantísimos como la amistad, el esfuerzo, la ambición y el compañerismo. A lo largo de la serie Juana pasa de ser una niña egoísta y engreída a una mujer amable y servicial que siempre está dispuesta a poner la cara por sus compañeras

Mai Kazuki forma parte de una familia de artistas del circo y sueña con ser una excelente maga. Un día encuentra a un duende llamado Topo, que le da un brazalete con el que podrá hacer magia durante un año entero. Mai se transformara gracias a él en Emi, una cantante y maga que se hace famosa inmediatamente, y triunfará como ilusionista en el Magicarrot Theater. Pero aparte del éxito, Mai tendrá que ver como un chico mayor, del que está enamorada, se empezará a sentir fuertemente atraído por Emi.

Han pasado casi dos siglos desde que la humanidad empezó a dejar su planeta natal, para establecerse en Colonias Espaciales. La construcción de las primeras Colonias se llevó a cabo con grandes esfuerzos y sacrificios de los pioneros terrícolas. Una importante razón de este éxito estaba basada en los Mobile Suits (Trajes Móviles), esencialmente armaduras individuales humanoides, que permitían a los humanos operar en el espacio. GW23 Sin embargo, las cosas habrían de cambiar. En el año 175 A.C., un importante líder pacifista, Heero Yuy, es asesinado por un francotirador durante unas conferencias en las Colonias. Muchos atribuyeron el asesinato a la organización OZ (Organización del Zodíaco). Dicha organización se ha enmascarado como la fuerza élite de la Alianza Unida de la Esfera Terrestre, haciéndose llamar el grupo de los Specials. El propósito de esta organización era forzar un alto nivel de desconfianza en las Colonias que permitiera su fácil ocupación por los miembros de la aristocracia que esperaban extender su sistema de clases sociales al espacio exterior. La ocupación militar se produjo posteriormente cuando el brazo armado de la Alianza Unida de la Esfera Terrestre tomo el control de varias Colonias. Sin embargo los movimientos de resistencia y los enfrentamientos que terminaron con masacres de Colonias completas determinaron que OZ se quedara en la Tierra, soportando al brazo público de los aristócratas llamado la Fundación Romefeller. Mientras, sin un líder fuerte como había sido Heero Yuy, las Colonias se estaban desintegrando y las diferencias políticas entre ellas se acentuaban. 5 científicos que habían trabajado en un proyecto ultrasecreto para crear el Mobile Suit de combate definitivo, llamado Wing, decidieron esconderse de las fuerzas de la Alianza Unida de la Esfera Terrestre. Tras construir el primer MS (Mobile Suit) de combate para OZ, llamado OZ-00MS Tallgeese, cada uno de ellos se llevó consigo una copia de los planos originales del proyecto Wing. Ellos no volvieron a verse en mucho tiempo, y cada uno por separado empezó a hacer realidad su sueño de construir el mobile suit de combate definitivo. Aún estando separados, empezaron a trabajar alentados y auspiciados por la Fundación Barton, una organización en las Colonias cuyo objetivo era el opuesto al de la Fundación Romefeller, es decir: la ocupación militar de la Tierra para propagar las ideologías de la humanidad del espacio.

Año 2025: un gran terremoto asola Tokyo. Para la reconstrucción de la ciudad se crean los "Boomers", androides capaces de realizar las más duras tareas físicas sin descanso. Genom, la multinacional creadora de los Boomers, perfecciona esta tecnología y amplia su aplicación al campo armamentístico, creando Boomers guerreros para el ejército y la seguridad privada. Año 2032. Tokyo sufre continuos ataques de Boomers, algunos descontrolados y otros manipulados por terroristas no identificados. Se rumorea que muchos de estos ataques son llevados a cabo por la compañía Genom para mantener su monopolio tecnológico, pero la policía carece de pruebas. Para combatir a estos supersoldados, surgen las Knight Sabers, un grupo clandestino formado por 4 mujeres enfundadas en armaduras de alta tecnología, quienes se encargaran de investigar y combatir los actos terroristas de Genom.

Año 2025: un gran terremoto asola Tokyo. Para la reconstrucción de la ciudad se crean los "Boomers", androides capaces de realizar las más duras tareas físicas sin descanso. Genom, la multinacional creadora de los Boomers, perfecciona esta tecnología y amplia su aplicación al campo armamentístico, creando Boomers guerreros para el ejército y la seguridad privada. Año 2032. Tokyo sufre continuos ataques de Boomers, algunos descontrolados y otros manipulados por terroristas no identificados. Se rumorea que muchos de estos ataques son llevados a cabo por la compañía Genom para mantener su monopolio tecnológico, pero la policía carece de pruebas. Para combatir a estos supersoldados, surgen las Knight Sabers, un grupo clandestino formado por 4 mujeres enfundadas en armaduras de alta tecnología, quienes se encargaran de investigar y combatir los actos terroristas de Genom.

Kuroo Hazama, también conocido como "Black Jack", es una leyenda en el mundo médico. Famoso por ser uno de los mejores, además de no tener una licencia, Hazama y su asistente Pinoko salvan innumerables vidas que otros médicos no pueden ... por un precio; un precio exorbitante, de hecho, que hace que muchos vean al genio como codicioso y despiadado. Sin embargo, a pesar de estas afirmaciones, nadie puede negar su habilidad y los esfuerzos que hará para tratar a sus pacientes. Este oscuro drama médico cuenta la historia del ominoso y misterioso mundo de la medicina subterránea cuando Black Jack arriesga su vida para curar algunas de las enfermedades más extrañas imaginables, incluso si eso significa violar todas las leyes del proceso.