Verano de 1945. La aviación estadounidense somete las ciudades japonesas a continuos ataques aéreos. En uno de ellos, una incursión con bombas incendiarias convierte la ciudad de Kōbe en un infierno humeante, para los dos protagonistas (Seita, de 14 años, y su hermanita Setsuko, de 5). El joven Seita y su pequeña hermana Setsuko son hijos de un oficial de la marina japonesa. Durante la Segunda Guerra Mundial, ambos viven con su madre, pero un día, tras un bombardeo, ellos se retrasan y no consiguen llegar al búnker donde ella los espera.

Japón, siglo XIX. El declive de la casta guerrera de los Samurai y de los Shogun ha hecho mella en el pequeño feudo de Unasaka, situado en la costa del noroeste del país. El samurai Yaichiro Hazama se marcha a la lejana ciudad de Edo para hacerse cargo de un puesto muy importante de la organización del clan, mientras sus amigos samuráis, Munezo y Samon, vuelven al lugar en el que Munezo nació y creció. A pesar de su modesto sueldo consiguen vivir una vida placentera en la casa de la madre de Munezo junto con la hermana pequeña de éste y la hija de un vecino que es granjero, llamada Kie, que trabaja en la casa como empleada doméstica y espera poder conseguir marido. Durante los tres años siguientes fallece la madre de Munezo, Samon se casa con la hermana de Munezo, y Kie se casa con el hijo de una familia acomodada de mercaderes, los Iseya.