Un día, de camino a clase, Junpei recoge una extraña roca. Sin pensar mucho en el asunto, lleva la roca a clase, pero cuando en mitad de una clase la roca comienza a levitar, todos piensan que es un truco de magia. ¡Pero no! La piedra en realidad es un ser vivo que transporta a unos cuantos chicos de la clase a otro mundo al ser elegidos como héroes para destruir a un malvado ser que amenaza con destruirlo todo. Pero... ¡ellos eran chicos 3D y han pasado a convertirse en personajes animados! ¿Cómo protegerán el mundo, como humanos de carne y hueso, y como personajes de anime?

Ryuichi y Kotaro son dos hermanos que perdieron a sus padres en un accidente de avión. Los adopta la directora de la Academia Morinomiya, quien perdió a su hijo y a su nuera en el mismo accidente, pero lo hace con una condición: Ryuichi tendrá que encargarse de cuidar de los niños del jardín de infancia de la escuela. Esta sección de la escuela se abrió para facilitar la vida a los profesores que tenían niños que atender, pero hasta la llegada de Ryuichi, estaban faltos de personal para ella.