El malvado emperador Pierrot, del reino Bad End invade el reino de las hadas Märchenland y secuestra a la reina. Para liberar a la soberana del secuestro, el hada Candy viaja a la Tierra en busca de las Pretty Cure, cuyo trabajo es recoger el Cure Decor y el poder de la felicidad de la luz de la reina, que fueron robados por el reino Bad End. Candy se pega a la portada del cuento de Pretty Cure en el primer día de clase de Miyuki Hoshizora, una estudiante de octavo grado. Cuando es atacada Miyuki se transforma en Cure Happy, para encontrar a las otras Pretty Cure y con Candy. La segunda en transformarse en Akane y se convierte en Cure Sunny, más tarde Yayoi en Cure Peace, luego Nao se transforma en Cure March y por último Reika es Cure Beauty. El emperador Pierrot tiene sirvientes: Joker que es el jefe de Wolfrun, Akaoni y Majorina, que son los encargados de revivir a su emperador y derrotar a las Pretty Cure. Todas juntas viven muchas aventuras.

La serie comienza con el robo de la Partitura Legendaria por parte de Mephisto. Aphrodite, para evitar esto, dispersa las notas y manda a Hummy a buscar a las Pretty Cure para que puedan recuperarlas.

Cuando Daikichi regresa a casa para el funeral de su abuelo, se encuentra con una niña desconocida en el jardín. Después su madre le explica que es la hija ilegitima de su abuelo. La presencia de la niña le causa vergüenza a todos los familiares y nadie quiere adoptarla. Daikichi, molesto por tal actitud, decide cuidar de ella él mismo. ¿Cómo se desarrollará la vida entre el soltero y la silenciosa Rin?