Japón, siglo XIX. En el templo Nishi-Honganji, la milicia Shinsengumi está seleccionando nuevos reclutas para convertirlos en guerreros samurais. El comandante Isami Kondo y el teniente Toshizo Hijikata son los encargados de supervisar el proceso de adiestramiento que exige que cada aspirante se enfrenté a Soji Okita, el mejor hombre de la milicia.

Cuenta la historia Latias y Latios, dos pokemon legendarios, los cuales se encargan de cuidar de "Altomare" una ciudad rodeada de agua, Ash Ketchum, accidentalmente se encuentra con una niña, la cual no es una persona sino que latias, aqui es donde comienza la averntura de Ash, y sus nueva amiga Latias