La historia está protagonizada por un estudiante de instituto que es raptado por toda una señorita rica como “muestra de la gente corriente”. Será así como entrará en un mundo lleno de chicas de la élite prácticamente aisladas del mundo real.

La historia tiene como protagonista a una familia en la que ambos padres son unos científicos locos, donde tanto el hermano como la hermana son humanos modificados llamados “criaturas”. Los miembros de esta peculiar familia pretenden convertirse en una familia “normal”.

La historia del juego de cartas sigue lo que sucede cuando "Hairou" Portales de repente abierta, la fusión de cinco mundos diferentes entre sí. Como resultado, varios poderes misteriosos "Exceed" se despiertan en las niñas adolescentes. Una academia para estos llamados chicas "progreso" se basa en la aislada isla Seiran en el Pacífico.

En el juego, el jugador asume el papel de un antiguo ex campeón de béisbol de la liga senior que no fue identificado y perdió su carrera en el béisbol después de sufrir una lesión no especificada. El personaje se muda a la ciudad natal de su abuela y se inscribe en la escuela secundaria local, resuelto a no volver a ingresar al mundo del béisbol. Cuando el personaje se encuentra con Tsubasa Arihara, se le persuade para que sea el gerente del equipo de béisbol de la escuela y que lleve al equipo a los nacionales de la escuela secundaria en Koshien.

En el continente de Astraea, un hombre cae del cielo, sin más recuerdos que su nombre, Yuuki. Una elfa llamada Kokkoro lo encuentra, presentándose como su guía en el mundo que están a punto de atravesar. Con la guía de Kokkoro, Yuuki puede aprender cómo funciona este mundo, desde luchar contra monstruos hasta manejar moneda. Para ganar dinero para su viaje, Yuuki y Kokkoro deciden ir a una asociación de gremios cercana para aceptar una misión simple. En su expedición, conocen a Pecorine, una chica algo glotona pero encantadora y experta en la batalla. Al día siguiente, también conocen a Karyl, una chica gata especializada en magia. Después de un tiempo, se forma un vínculo de amistad y camaradería entre ellos, y los cuatro deciden crear su propio gremio. A medida que continúan sus aventuras, exploran el mundo, conocen gente nueva y tal vez descubran los misterios detrás de los recuerdos perdidos de Yuuki.

En un futuro no muy lejano, la humanidad se enfrenta a la destrucción inminente proveniente de unas misteriosas criaturas gigantes conocidas como “Huge”». El mundo entero se une contra ellos, y desarrolla con éxito el armamento conocido como “CHARM” (Counter Huge Arms) combinando ciencia y magia. CHARM exhibe altas tasas de sincronización con las adolescentes, y las chicas que usan CHARM son vistas como como unas heroínas denominadas “Liliums”. En todo el mundo, se establecen academias militares denominadas “Garden” para entrenar a las Lilies para que puedan combatir contra esa amenaza, y servir como bases para proteger y guiar a las personas.

¿Quién necesita el diálogo cuando eres tan lindo? El hermoso (pero desafortunado) Momoko, el genial Shibumi y el refrescante inocente estrella de Mayumi en un "manga silencioso". No hay discursos, no hay diálogo! Solo imágenes, efectos de sonido y tres chicas de secundaria que viven su vida diaria.

Al comenzar su primer año de instituto, lo único que quiere Matsuboshi Raidou es hacer amigos, empezando por la guapa, pequeña y de voz suave Reina Aharen, que se sienta a su lado en clase. Sin que Raidou lo sepa, Reina comparte el mismo sentimiento, pero tiene un problema. Torpe y tímida, Reina es incapaz de determinar el grado de amabilidad que debe tener al acercarse a una persona. Debido a la total incapacidad de Reina para calibrar el espacio personal, los dos luchan por hacer surgir su improbable amistad, ya que incluso las tareas más sencillas, como hablar, les parecen imposibles. Pero a pesar de los innumerables e inútiles desafíos que obstaculizan a la pareja, el excesivamente imaginativo Raidou hará lo que sea necesario para hacerse amigo de la indescifrable Reina.

Un día todos los peces desaparecieron de la Tierra. El Ministerio de Pesca ha dado inicio a un programa experimental para crear "Orbes Acuáticos", granjas de pescados en masas de agua encapsuladas en el espacio. Seis chicas son seleccionadas para ser las pescadoras que irán al espacio a capturar nuevas especies de pescados. De la ciudad de Onomichi al espacio, esta es la historia de seis chicas que aspiran a ser pescadoras espaciales.

La historia se desarrolla en la isla "Academy" donde los estudiantes luchan para determinar su clasificación. Hiroto Shinohara obtuvo la calificación más alta en el exámen de ingreso a esta escuela, el más difícil de todo el país. En su primer día en la escuela, derrota a la reina gobernante anterior, Sarasa Saionji, y se convierte en el estudiante más rápido en unirse a la élite de la escuela "Siete Estrellas". Excepto que en realidad no lo hizo. Todo es mentira. Ahora, para mantener su clasificación superior, debe luchar contra estos juegos mentales de la academia con mentiras y engaños. Lo hace con la ayuda de la linda "sirvienta tramposa" Shirayuki Himeji.

Saintia Shō cuenta la historia de una muchacha llamada Shōko, quien de pequeña fue rescatada por un Santo de Oro de unos seres maligno cuando esta encontró una manzana dorada. En el presente, Shōko decide buscar a su hermana Kyōko a la que no ha visto durante cinco años. Shōko sabe que la fundación Graude fue la que se llevó a su hermana por lo que decide buscar a la actual jefa de dicha fundación, Saori Kido quien asiste a la misma escuela que ella.