Estamos en el periodo Heian. Mientras la inestabilidad política se manifestaba en forma de hambre y epidemias, la cultura de los nobles de la corte estaba a punto de alcanzar su máximo esplendor. Al mismo tiempo, los que cargaban el peso de la ley, eran aquellos que estaban experimentados con la creación del calendario, y que presidían sobre los asuntos de la corte, los Onmyouji. Por otro lado, los guerreros, que espoleaban a sus caballos y manejaban hábilmente sus arcos y espadas, exhibieron un alto grado de poder durante el avasallamiento de las familias regionales dirigentes y mostraron signos de emerger como una nueva fuerza armada. Con este fondo histórico, nuestra historia sucede en el año 973 D.C., en la tierra de Hitachi. Minamonoto no Hikaru toma el papel de su hermano mayor, Raiko, y parte junto a su sirviente Tsuna en búsqueda de las Magatamas, joyas que guardan un gran poder en su interior, para así salvar a la capital y a su hermano de las epidemias y enfermedades. A partir de ahí, múltiples altercados y conspiraciones rodean la historia de los protagonistas. A partir del capítulo 14, la historia da un giro y se desarrolla en el Tokio actual. Sin embargo, sigue manteniendo relación son el primer arco, así que hay que verlo para comprender todo completamente.

En un futuro no muy lejano, el mundo se encuentra totalmente computerizado. Seres humanos con interfaces y cerebros artificiales se funden con máquinas alcanzando un nuevo nivel de existencia entre el mundo físico y la red digital. Para combatir los crímenes relacionados con las nuevas tecnologías ha sido creada una fuerza de choque antiterrorista con individuos 'mejorados' capaces de perseguir toda clase de criminales tanto en el mundo real como en el virtual. La Teniente cyborg Motoko Kusanagi y sus compañeros de la Sección 9 deben resolver una delicada crisis de rehenes, detener un tanque de asalto de última generación fuera de control y determinar la causa de los misteriosos suicidios de una serie de robots obsoletos. Todo ello antes de afrontar el desafío sin precedentes del esquivo pirata informático conocido como el 'Hombre que ríe'.

Nao es una joven estudiante que pasa su tiempo admirando las nubes desde el techo de su escuela. Un día, ella ve a un gato que tiene la capacidad de "volar". Sorprendida, se cae del tejado. Afortunadamente, su caída se ve ralentizada por una fuerza enigmática. Es entonces ahí cuando descubre que su maestro, el Sr. Taiki, pertenece a un misterioso clan en el cual los miembros pueden controlar el viento.

Bon se entromete en un caso de la Patrulla del Tiempo y debe unirse a la agente Ream para salvar vidas inocentes del pasado mientras ve desarrollarse la historia.