En el año 2199, la Tierra enfrenta su mayor crisis. Debido a los implacables bombardeos de la raza alienígena conocida como "Gamilas", el planeta ya no puede sostener a sus habitantes. En exactamente un año, la humanidad se extinguirá. En su desesperación, la gente de la Tierra establece la Fuerza de Defensa de la Tierra, su última defensa contra el imperio de Gamilas, hambriento de poder. Sin embargo, la humanidad encuentra un rayo de esperanza después de recibir un mensaje del misterioso planeta Iscandar, que les ofrece un dispositivo que restauraría la Tierra a su antigua gloria. Con la salvación a la vista, la Fuerza de Defensa de la Tierra recurre al prolífico acorazado espacial Yamato y reúne rápidamente a una tripulación para hacer el viaje de 168,000 años luz a Iscandar y recibir su ayuda.

Chirico Cuvie es un antiguo piloto de las fuerzas especiales Armored Trooper y antiguo miembro del "Batallón Red Shoulder", una fuerza de robots de élite usada por la Confederación de Gilgamesh en su guerra contra la Unión Balarant. Ambas son naciones interestelares de la distante Galaxia de Astragius. Gilgamesh y Balarant estaban recientemente envueltos en una guerra galáctica de cien años cuya causa se olvidó hace tiempo. Ahora, la guerra está acabando y una frágil tregua se ha establecido. Chirico Cuvie es transferido de repente a una unidad comprometida en una misión sospechosa, y no sabe que él está ayudando a robar secretos de lo que parece ser su propio bando. Chirico es traicionado y dejado por muerto, pero sobrevive y es arrestado por el ejército de Gilgamesh bajo la acusación de traición. En esas circunstancias es torturado para revelar información. Chirico logra escapar y se desata contra él una persecución que se extiende a lo largo de toda la serie, con el ejército intentanto cazarlo y con otros personajes que buscan la verdad detrás de dicha operación. Chirico procura descubrir la verdad acerca de uno de los objetivos que le asignaron recuperar en esa operación: una mujer misteriosa y bonita, que se volvería su única pista para desenmascarar la conspiración.