La temporada comienza en la misma escena donde nos dejó la cuarta temporada, Sydney Bristow y Michael Vaughn en el coche camino de sus vacaciones. Tras el accidente, Syd queda inconsciente, cuando se recupera, ha llegado ya la ambulancia y la policía. Se llevan a Vaughn, ella se queda en el coche y ve como un 'policía' va a ponerle una inyección a éste. Syd huye por un campo de maíz mientras la persiguen. Cuando esta a salvo mira hacia el coche y ve como un helicóptero se lleva a Vaughn. Syd vuelve a Los Angeles y Vaughn está desaparecido; un nuevo personaje que parece tener autoridad sobre APO está investigando la fiabilidad de Vaughn, el cual es sospechoso de traicionar a la CIA. Vaughn contacta con Syd y le dice que se lo explicará todo en persona. Cuando llega al punto de encuentro, Syd exige a Vaughn que le de respuestas, y éste empieza por decirle su verdadero nombre, Andre Michau, y que su padre tuvo que cambiar de identidad a toda su familia cuando Vaughn era un bebé, debido a su situación política. Syd se fía, así que se ven con un antiguo contacto del padre de Vaughn, que les promete darles más información si roban un objeto para él. Durante la misión, son descubiertos pero logran escapar apresuradamente, momento en el que llaman a Syd del hospital para darle los resultados de su chequeo posterior al accidente, y le dicen que está embarazada. Cuando se lo dice a Vaughn, a éste al principio parece desagradarle pero de camino al encuentro con el contacto del padre de Vaugnh empiezan a hacer planes, ilusionados, para cuando llegue el bebé. Al llegar a la cita, el supuesto supervisor de la CIA que investiga a Vaughn, es en realidad uno de los malos, pues le ha tendido una emboscada, y tirotea al contacto de Vauhng y él mismo... Tras una larga operación, Vaughn está en situación crítica, pero consciente; Syd y el hablan sobre nombres para el bebé, pero Vaugnh se encuentra cansado, se duerme... Finalmente muere y es enterrado sentidamente, pero parece que no será la última vez que veamos a Andre Michau...