Su narrador en primera persona es un estudiante no identificado de una universidad de Kyoto que recuerda las desventuras de sus años previos de vida en el campus, y cada uno de los cuatro capítulos tiene lugar en universos paralelos en los que se inscribe en una sociedad universitaria diferente.

Después de que Shinozaki Haruka se le confiesa a la representante de clase perfecta, Kousaka Akiho, se da cuenta de que ella podría ser un poco más difícil de manejar de lo que pensaba

FLCL sigue a Naota Nandaba, un niño de doce años que vive en el suburbio japonés ficticio de Mabase, y sus interacciones con Haruko Haruhara, que llega al tranquilo suburbio, atraída por las casas industriales de la ciudad y el edificio de Medical Mechanica. Tsurumaki ha dicho que intentó "romper las reglas" del anime al hacer FLCL, por ejemplo, eligiendo una banda japonesa contemporánea para la banda sonora, y modelando el estilo más bien a partir de "un anuncio de televisión japonés o un vídeo promocional", creando una obra "corta, pero llena de densidad".

Megumin y Yunyun, miembros del Crimson Magic Clan, son los mejores de su clase, pero todavía tienen mucho que aprender. Yunyun ha comenzado a aprender magia avanzada, pero Megumin ha seguido un camino diferente: ¡el camino de la magia de explosión! A pesar de haber sido advertida de su utilidad limitada, Megumin cree que la magia de explosión es la manera de convertirse en una maga grandiosa y voluptuosa, ¡y no se dejará convencer de lo contrario!

Al ingresar al instituto todos tenemos metas, algunos referentes a su futura profesión, otros con su familia...en fin, hay varias cosas pero nuestra protagonista, Yamada, es algo peculiar. Es una chica hermosa admirada por todos aunque... su extravagante meta es el mantener 100 relaciones sexuales. Un largo camino considerando que es virgen y que el chico que ella escogió como su primera pareja, es tan tímido que termina por asustarlo cada vez que se le insinúa.

La historia sigue a Otonashi, un adolescente que tras morir despierta en el patio de un gigantesco colegio y sin recordar nada sobre su vida excepto su apellido. Al despertar encuentra a su lado a una chica llamada Yuri quien le explica que ya está muerto, ese lugar es el Otro Mundo y lo invita a unirse a la "Shinda Sekai Sensen" (SSS) o Frente del mundo de los muertos (Nombre en turno), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios y encontrar una solución lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo —el lugar donde ocurre la serie es una contraparte del purgatorio, mientras que en el purgatorio uno paga sus pecados, en este lugar se cumplen los deseos inconclusos—.

La historia se sitúa en Ciudad Academia, una ciudad tecnológicamente avanzada localizada al oeste de Tokio que se especializa en el desarrollo de poderes psíquicos, pero también se sitúa en un mundo donde la magia es real. Touma Kamijou es un estudiante de instituto que posee en su mano derecha un misterioso poder llamado Imagine Breaker, el cual puede negar cualquier fenómeno sobrenatural ya sea psíquico o mágico, lo que también anula su propia buena suerte. Un día encuentra a una chica llamada Index colgada de su balcón. Ella es una monja que posee en su mente el Index Librorum Prohibitorum, el cual es una colección de 103.000 libros mágicos. Cuando los caminos de la ciencia y la magia se cruzan, esta historia comienza.

Ella tiene una familia amorosa y mejores amigos, se ríe y llora de vez en cuando ... Madoka Kaname, estudiante de octavo grado de la escuela intermedia Mitakihara, es una de esas personas que vive una vida así. Un día, ella tuvo un encuentro muy mágico. Ella no sabe si sucedió por casualidad o por el destino todavía. Este es un encuentro fatídico que puede cambiar su destino. Este es el comienzo de la nueva historia de las brujas mágicas.

Kusuo y el variopinto grupo de personas que dicen ser sus amigos vuelven para vivir más incidentes psíquicos. Si antes ya tenía suficientes problemas, ahora no da abasto.

Cada cierto tiempo en una ciudad rodeada por muros nace una Haibane. Las Haibane son seres casi idénticos a los humanos, pero con la diferencia de que poseen un halo y unas alas de color ceniza. La historia en concreto sigue a la pequeña Lakka desde que nace hasta que se va adaptando a su nueva vida como una de ellas.

Karen Kohiruimaki siempre se sintió fuera de lugar en el mundo real. Debido a su altura extrema, le resultó difícil hacer amigos con otras chicas de su edad. Todo cambia cuando se presenta a VR y Gun Gale en línea. ¡En GGO, Karen es libre de jugar al lindo y chibi avatar de sus sueños! ¿Puede Karen encontrar amistad en este MMO de disparos?

Yusuke Urameshi, un chico de catorce años un poco gamberro es atropellado por un coche cuando intentaba salvar la vida de un niño pequeño. Al ser atropellado, no sobrevive y muere. Entonces es cuando Botan le dice que su muerte no estaba prevista asi que no va ni al cielo ni al infierno, por lo cual se queda en la tierra como fantasma. Botan le dice de hacer una prueba para volver a la vida, la consigue superar y entonces es cuando le encomiendan la tarea de ser detective espiritual, con lo cual tendrá que resolver varios casos utilizando poderes espirituales que le dan.

La historia está protagonizada por un guapo calígrafo de 23 años llamado Seishu Handa que se muda a las remotas Islas Goto en la costa del oeste de Kyushu. Seishu ha vivido toda su vida en la ciudad, y el manga cuenta las interacciones de Seishu con la gente de la isla, los cuales van con tractores por la calle y que entran a su casa por cualquier parte menos por la puerta cuando van a visitarle. Además, la casa de Seishu acaba siendo un punto de reunión para los niños de la isla.

Es el año 20XX. La Tierra fue asediada por monstruos autodeclarados como “enemigos de la humanidad”. Para afrontar esta amenaza, se establecieron escuelas especiales que entrenan adolescentes con extraordinarias habilidades. Estas personas, quienes son conocidas como “Talentos”, poseen habilidades que desafían las leyes de la realidad y, entre ellos, se encuentra un caso atípico, un individuo que fue enviado a una de esas escuelas pero que no posee ninguna habilidad especial. Así comienza la historia de nuestra protagonista quien, en vez de utilizar la fuerza bruta, utilizará su inteligencia y su habilidad de manipulación para derrotar a sus enemigos.

Cuando Ao estaba en el jardín de infancia, sonrió de oreja a oreja mientras les contaba a sus compañeros de clase cómo su padre, un autor erótico de gran éxito de ventas, eligió su nombre: "¡A como en Apple y O como en orgía!" Ese día aún la persigue diez años después, mientras estudia con un solo objetivo en mente: ingresar en una universidad de élite y lograr la independencia de su padre de una vez por todas. No tiene juventud para perder y no hay tiempo para pensar en los niños ... hasta que su compañera de clase, "King Normie" Kijima, se acerca a ella con una confesión de amor sorprendente. Ella intenta perder a Kijima, pero él simplemente no puede captar una pista ... y mientras su mente se vuelve loca con pensamientos sucios, ¡se da cuenta de que su padre la ha influenciado totalmente!

El anime estará formado por un conjunto de arcos argumentales de cuatro capítulos cada uno, centrados respectivamente en cada protagonista: Hikari Tsuneki, Touru Miyamae y Kyouko Touno. Las historias de amor tendrán lugar en el verano del segundo año de instituto de las chicas. A Shouichi, el protagonista, le provoca ansiedad la idea de crecer, y su tutora lo llama para hablar de sus planes de futuro. Shouichi conoce a varias chicas y se encamina hacia un porvenir incierto.

La historia del manga original da comienzo cuando un muchacho de instituto llamado Yamada se topa con una preciosa chica llamada Shiraishi en las escaleras y al caer, los labios de ambos se encuentran. Mientras se recomponen del golpe, se dan cuenta de que han intercambiado cuerpos. Con el paso del tiempo ambos se dan cuenta de que su intercambio no es el único caso extraño que se produce en el instituto.

Karen y Hikari se prometieron cuando eran pequeñas que un día compartirían un escenario. Sin embargo, tuvieron que separarse. Ahora que ha pasado el tiempo y han cumplido dieciséis años, los hilos del destino harán que sus caminos vuelvan a cruzarse y entren en el misterioso casting de Starlight, una compañía de teatro especializada en el baile y canto que viaja alrededor de todo el mundo, para dar juntas el salto a la fama.

En el año 2021, la humanidad fue diezmada por la epidemia de Gastrea, un virus parásito, y se ve obligada a vivir dentro de las paredes, que se crean a partir de Varanium: un metal que es capaz de someter Gastrea. Pronto, los "hijos malditos", los niños que nacen con el virus Gastrea que son capaces de controlarlo, lo que les da habilidades sobrehumanas se descubren. Debido a que el virus 'Gastrea ' sólo podía verse en mujeres. Los Civiles se forman para especializarse luchando contra Gastrea, operando a la par de un iniciador y un "hijo maldito", y un promotor, que sirve para llevarlos. Diez años después de la epidemia, Rentaro Satomi, un estudiante de secundaria que también es un promotor junto con su amiga de la infancia Kisara Tendo y su iniciador Enju Aihara, recibe una misión secreta para evitar la destrucción del área de Tokio.

La historia se centra en un muchacho de secundaria llamado Yōto Yokodera, quien se pasa la vida pensando en sus "deseos carnales". Un día, habla con su amigo de una estatua de un gato que concede cualquier deseo, así que decide ir a pedirle que le permita ser un poco más sincero como y donde quiera sin tener que preocuparse. En el lugar de la estatua se encuentra con Tsukiko Tsutsukakushi, una chica de su mismo instituto que también tiene su propio deseo: no mostrar sus emociones faciales tan fácilmente.