La historia gira alrededor de cuatro chicas que deciden quedarse a dormir en el colegio: Yuki Takeya, una chica muy energética; Rumi, a quien le encanta su pala; Rurii, que reúne a todos; y Megu, la consejera escolar. Sin embargo, y por causas misteriosas, las chicas son las únicas supervivientes de un ataque zombie por lo que se ven obligadas a quedarse a vivir en el colegio.

Fuutarou Uesugi es un estudiante de segundo año de preparatoria/instituto cuya familia siempre ha sido muy pobre. Un día recibe una suculenta oferta de trabajo como tutor a medio tiempo... ¡pero sus estudiantes resultan ser unas chicas de su propia clase! Para complicar más las cosas, son quintillizas... Las cinco hermanas son todas muy atractivas, pero no es lo único que tienen en común: todas odian estudiar y sus calificaciones siempre están al límite de la catástrofe. Tendrá que conseguir que las cinco estudien, pero primero tendrá que estudiar él cómo ganarse su confianza.

Después de tres batallas inconclusas por conseguir el Santo Grial, un artefacto capaz de conceder un milagro a quien lo posea, una cuarta guerra da comienzo. Precuela del anime "Fate/stay night".

La historia comienza con una joven, llamada Lucy, escapando de unas instalaciones de investigación en una isla cercana a la costa de Kamakura en la prefectura de Kanagawa, Japón. Desarmada y desnuda, a excepción de un casco de metal que oculta sus rasgos, consigue salir del recinto tras desmembrar y asesinar a varios guardias y empleados utilizando una especie de poderes sobrenaturales. Momentos antes de escapar, un francotirador le dispara a la cabeza con un fusil de calibre .50, provocándole una herida leve al partir el casco y descubriendo dos protuberancias óseas, como pequeños cuernos, saliendo de su cabeza; tras esto, la joven cae inconsciente por un acantilado al mar.

Nishikata es un estudiante de secundaria a quien su compañera y vecina en clase, Takagi-san, no deja de molestar y avergonzar en todo momento. Él intenta vengarse día tras día de ella, pero Takagi siempre parece ir un paso por delante. ¿Logrará hacer que sea ella la que se avergüence algún día? ¡La batalla de voluntades de juventud entre Nishikata y Takagi da comienzo!

Usagi Tsukino es una estudiante de segundo curso un poco torpe y llorica, pero que siempre está llena de energía. Un día se encuentra con Luna, un gato negro con una luna creciente en la frente, y se transforma en “Sailor Moon”, una guerra del amor y la justicia que luce un traje especial. Elegida como la guardiana de la justicia, a Usagi se le encomienda la misión de encontrar el “Cristal de plata ilusorio” junto a otras Sailor y de proteger a la Princesa. Mientras tanto, la Reina Beryl, realeza del Reino Oscuro, envía secuaces a la ciudad en la que vive Usagi para arrebatarle el Cristal, que resulta ser un objeto con un poder inmenso. Y entonces, extraños sucesos comienzan a darse… ¡¿Podrá Sailor Moon, acompañada del resto de Sailor, encontrar el Cristal y proteger a la Princesa?!

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".

Existe un rumor sobre un fenómeno misterioso llamado "síndrome de pubertad". Por ejemplo, Sakuta Azusagawa es una estudiante de secundaria que de repente ve a una conejita aparecer frente a él. La niña es Mai Sakurajima, la chica de clase superior de Sakuta y también una actriz famosa que se ha apartado de la industria del entretenimiento. Por alguna razón, la gente alrededor de Mai no puede ver su figura de conejita. Sakuta se propone resolver este misterio y, a medida que pasa tiempo con Mai, aprende sus sentimientos secretos. Otras heroínas que tienen "síndrome de pubertad" comienzan a aparecer frente a Sakuta.

Su difunto padre siempre dijo que un hombre inútil debería esforzarse por ser útil, por lo que para ese fin, y para dar una vida mejor a su familia de bajos recursos, su objetivo es obtener la recomendación especial VIP, una prestigiosa beca que cubre todas las futuras matrículas universitarias. Aunque Nariyuki podría ser el candidato para la nominación, sus compañeras de clase Rizu Ogata y Fumino Furuhashi lo eclipsan constantemente en matemáticas y literatura, respectivamente. Para su deleite, Nariyuki recibe la nominación, pero hay un problema: ¡tiene que dar clases particulares a sus dos compañeras de clase, que son cada una mediocres sin remedio en el tema de especialización de la otra! Para empeorar las cosas, dichos temas son los que quieren estudiar para su futuro. A medida que se acerca el momento de presentar las solicitudes universitarias, Nariyuki debe encontrar un método de tutoría efectivo para las niñas antes de que sea demasiado tarde.

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.

Tada Banri, un estudiante nuevo de una escuela privada de abogados en Tokyo, se encontró perdido después de la ceremonia de bienvenida. En ese momento, se encontró con otro estudiante nuevo, Mitsuo Yanagisawa, también perdido. Entonces apareció delante de ellos una chica hermosa con un ramo de rosas, la cual golpea a Mitsuo en la cara con el ramo. La mujer perfecta, bien vestida y elegante que le había pegado a Mitsuo, era su amiga de niñez, Koko Kaga. Como niños se habían prometido casarse algún día. Para escapar de ella, Mitsuo tomó el examen para entrar en esta universidad privada de forma secreta, pero inesperadamente ella apareció allí.

Ritsuka Uenoyama es un joven que se aficionó a la guitarra siendo muy joven y tras mucho esfuerzo, consiguió alcanzar el nivel que quería, pero la guitarra que tanto amaba ha perdido su brillo y no le divierte ni le apasiona como antes… hasta que un día conoce a Mafuyu Sato, un joven que se aferra a una guitarra con toda su alma pese a que no sabe tocarla y quien le pedirá que le enseñe a tocar… haciendo que todo en la vida de Uenoyama cambie y la música acelere nuevamente su corazón.

Tsutsui Hikari es un otaku, y sobre todo evita la vida social. Hikari solo tiene un amigo en la escuela, que también es un inadaptado social, y la mayoría de sus compañeros se burlan brutalmente de él por ser espeluznante y raro. Un día, termina teniendo que limpiar la piscina de la escuela con Igarashi Iroha, que parece ser casi todo lo que odia en las chicas de la vida real. Se saltea la escuela, tiene una manera directa, no tiene amigas, y parece que es promiscua. Sin embargo, ella es amiga de Hikari, e incluso se enfrenta a las personas que se burlan de él. Los problemas de amargura y confianza de Hikari lo llevan a decirle cosas bastante duras a Iroha, pero ella nunca lo descarta como espeluznante. Después de un tiempo, ¡parece que Iroha se convertirá en su primera novia 3D en la vida real! ¿Será capaz de manejarlo?

Ichiro Suzuki, conocido como “Satou”, es un programador en plena marcha fúnebre. Cuando un día se despierta después de lo que supuestamente iba a ser una siesta normal, se encuentra en otro mundo… Lo que ve ante él parece la pantalla del menú del juego en el que estaba trabajando antes de dormirse, y es un novato de nivel 1. Por suerte tiene acceso a la nueva función de “mostrar todo el mapa” que acababa de implementar para ayudar a los novatos y tres usos de la magia “Lluvia de meteoritos”, la cual puede acabar con todos los enemigos de un mapa completo.

Fate/Apocrypha tiene lugar en un mundo paralelo a Fate/stay night, donde el Santo Grial fue alejado de la ciudad de Fuyuki tras la Tercera Guerra. Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Santa Guerra por el Grial en Trifas.

Shikimori parece ser la novia perfecta, sin embargo, tiene un lado bastante oscuro que solo surge bajo ciertas circunstancias. ¡Y su novio Izumi adora estar con ella cuando esto ocurre!

La historia se desarrolla en un instituto (Academia Honnoji) donde los estudiantes tienen uniformes (uniformes última) que aumentan sus habilidades y dependiendo de la cantidad de fibras vitales se catalogan mediante estrellas (10% 1 estrella, 20% 2 estrellas, 30% 3 estrellas). La presidenta del consejo estudiantil, Satsuki Kiryūin, impone las reglas por la fuerza con ayuda de los cuatro Devas. Sin embargo, una estudiante de intercambio llamada Ryuko Matoi se la encuentra en su camino, empuñando una espada de tijera y un uniforme escolar fabricado 100% de fibras vitales al que bautiza como Senketsu (sangre fresca). Ryuko reta continuamente a Satsuki para saber la verdad de quien es el asesino de su padre, siendo que tras varios intentos fallidos Satsuki le promete que si derrota a todos los presidentes de los clubs, tendrá un enfrentamiento contra ella y le dará una respuesta.

Una brecha entre la Tierra y el inframundo se ha abierto sobre la ciudad de Nueva York, atrapando a sus habitantes y a criaturas de otra dimensión en una burbuja impenetrable. Llevan años viviendo juntos, en un mundo repleto de crímenes dignos de ciencia ficción. Ahora alguien intenta romper esa burbuja, y un grupo de superhumanos intenta evitar que eso ocurra.

Hace treinta años, un extraño fenómeno llamado Terremoto Espacial devastó el centro de Eurasia, llevándose consigo la vida de más de 150 millones de personas. Desde entonces, menores terremotos espaciales se han ido manifestando alrededor del mundo. Shidou Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente normal se encuentra con una chica en el epicentro de un terremoto espacial y es informado por su hermana Kotori que esta chica es uno de los espíritus que, al hacer acto de presencia en el mundo, son causantes de dichos terremotos espaciales. También se entera de que su hermana es la capitana de la nave Ratatoskr y quien lo recluta con el fin de hacer uso de su misteriosa habilidad para sellar los poderes de los espíritus y evitar que se vuelvan una amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay un inconveniente: para sellar los poderes de un Espíritu, Shido deberá hacer que éste se enamore de él.