El inquisidor Bernardo Gui arresta a Salvatore y encarcela a la campesina acusándola de bruja. Salvatore confiesa que Remigio ocultó unas cartas secretas en la biblioteca y Gui le lleva a juicio. Remigio es acusado de hereje y de los asesinatos de los monjes. Anna consigue infiltrarse en la abadía.