Planetarian cuenta la historia de un mundo post-apocaliptico arrasado tras una guerra mundial, donde debido al agotamiento de los recursos naturales, la sobrepoblacion y por culpa del fracaso del proyecto espacial, la humanidad se enfrento a sus propios demonios , tal que sus armas quimicas y biologicas fueron erradicando a los seres humanos ademas que causo un desequilibrio en la naturaleza provocando lluvia acida. Despues de 30 años los seres humanos aun tienen que enfrentarse a las maquinas de guerra programadas para proteger su territorio eliminado a cualquiera que trate de entrar, los seres humanos sobrevivientes son conocidos como " Junkers" , el protagonista pertenece a uno de estos. La historia se desarrolla en la tienda por departamentos Flowercrest (Cresta de Flores) que cuenta con un planetario en el tejado, ahi es donde el protagonista conoce a Yumemi y el proyector conocido como "Miss Jena o Jena-san" y el protagonista decide ayudar a Yumemi reparando el proyector mientras se encuentra en Flowercrest.